Le cistude d'Europe (Emys orbicularis, Linné, 1958) est une tortue palustre menacée principalement par la disparition et la pollution de son milieu de vie, et la compétition avec des espèces envahissantes. Elle est élevée dans un but conservatoire dans plusieurs pays d'Europe, parallèlement à la mise en place de mesures de protection de son environnement et de programmes de recherche sur son écologie. La pathologie des cistudes juvéniles est encore peu documentée et des taux de mortalité élevés d'étiologie inconnue surviennent dans certains élevages. Notre travail avait pour objectif de préciser les maladies des cistudes d'Europe juvéniles en élevage, de quantifier les taux de morbidité et de mortalité et de déterminer des facteurs de risque de la mortalité des juvéniles en élevage. Pour répondre à ces questions, nous avons mené une enquête auprès des élevages européens de cistude d'Europe, et créé un répertoire des éleveurs de cistudes d'Europe. Dans notre échantillon de 27 élevages, les symptômes et maladies déclarés concernaient surtout la carapace et le système cutané, ou étaient des symptômes non spécifiques. Les causes de mortalité étaient surtout des maladies infectieuses. Les taux de morbidité étaient faibles, de 5,5 % en moyenne, et probablement biaisés. Les taux de mortalité étaient supérieurs aux taux de morbidité, 15,1 % en moyenne, avec une forte différence entre les élevages. La taille de l'élevage était le seul facteur associé à la mortalité des juvéniles, avec une plus forte proportion d'élevages « malades » parmi les grands élevages que parmi les petits et moyens élevages. Cette association n'est pas suffisante pour établir la taille de l'élevage comme facteur de risque. Les autres facteurs de risque de la mortalité supposés et testés (ancienneté de l'élevage, élevage en intérieur ou en extérieur, mise en hivernation, contrôle de la température de l'air et de l'eau en intérieur, géniteurs utilisés) n'étaient pas significativement associés à la mortalité des juvéniles. Ainsi, nous n'avons pu définir de facteur de risque de la mortalité des cistudes juvéniles. Cependant, d'après la bibliographie, nos résultats non significatifs statistiquement et le ressenti des éleveurs, il semble préférable de pratiquer un élevage avec un effectif de moins de 60 juvéniles, en extérieur, avec hivernation et une protection de l'enclos contre les prédateurs. Pratiquer des autopsies régulièrement et créer un réseau international d'éleveurs pourraient permettre d'affiner les questions soulevées par notre travail.