Cette thèse propose en première partie une étude bibliographique, qui s'interroge sur l'épidémiologie de la bactérie, ses vecteurs, les espèces réservoirs identifiées et les données déjà connues sur les hérissons. Dans une seconde partie, une étude a été menée, afin de déterminer les taux d'infection globaux et la distribution d'A. phagocytophilum chez les hérissons de notre échantillon d'Ile-de France. Nous avons regroupé les données des hérissons morts au Chuv-FS de l'EnvA. Au total, 1 074 hérissons ont été analysés de 2019 à 2023. Nous avons examiné des échantillons de rate, de peau et de sang. Le génome d'A. phagocytophilum a été détecté par qPCR TaqMan ciblant le gène msp2. Le taux d'infection par A. phagocytophilum est estimé à 9,2 % dans notre échantillon, entre 2021 et 2023, ce qui est inférieur au taux d'infection par A. phagocytophilum observé en Allemagne et bien inférieur aux taux observés dans les pays de l'Est. Cependant, ces valeurs ne sont pas réellement comparables du fait de la non-représentativité des échantillons étudiés. Puis, nous avons évalué les taux d'infection chez les hérissons par année, entre 2021 et 2023, et observé un pic (14,6 %) de ce dernier en 2022. Ceci pourrait être corrélé avec des conditions météorologiques propices à la prolifération des tiques. Le taux d'infection varie également entre les différents départements franciliens, cela étant peut-être en lien avec les biotopes qu'ils offrent. En effet, il est plus élevé dans les zones les moins urbanisées. De plus, nous avons observé un taux d'infection plus élevé chez les hérissons en âge de quitter le nid que chez les très jeunes. Ceci soulève l'hypothèse que les tiques puissent davantage les infecter en dehors du nid. Le taux d'infection est significativement plus élevé chez les hérissons qui ont dû être euthanasiés au Chuv-FS que chez ceux qui sont morts spontanément. L'une de nos hypothèses pour expliquer cela est que les hérissons les plus vulnérables sont plus facilement infectés. Bien que notre étude soutienne l'hypothèse selon laquelle les hérissons pourraient constituer un réservoir pour A. phagocytophilum, un typage génétique est nécessaire pour identifier les souches présentes.[-]

Ce travail propose une analyse approfondie du cycle épidémiologique d'Anaplasma phagocytophilum chez les rongeurs et les musaraignes. Après une brève présentation de ces espèces, sont relevés, d'une part, les pourcentages d'infection des rongeurs et musaraignes par A. phagocytophilum et d'autre part, l'avis des auteurs sur la possibilité que des rongeurs ou des musaraignes soient réservoirs de souches humaines d'A. phagocytophilum. Puis une étude expérimentale est menée sur la détection de la bactérie chez des rongeurs et musaraignes en France. Dans un premier temps, les principaux protocoles de détection d'Anaplasma phagocytophilum en Europe sont répertoriés et les résultats obtenus sont comparés entre eux. Dans un second temps, après extraction d'ADN à partir de rongeurs et musaraignes, une recherche de la présence de l'ADN bactérien a été faite par qPCR msp2. Une PCR nichée ciblant une portion du gène ARNr 16S a ensuite été réalisée sur les échantillons ayant présenté des résultats douteux. Tous les échantillons testés se sont avérés négatifs. La présence de l'ADN d'A. phagocytophilum n'a donc pas été détectée dans les prélèvements étudiés. La discussion a principalement porté sur les protocoles et seuils de positivité utilisés. S'il est possible de d'affirmer que dans la majorité des pays européens, les rongeurs déjà considérés comme réservoirs d'A. phagocytophilum sont infectés par de souches non pathogènes pour l'être humain, il reste encore des investigations à mener, notamment sur la notion de réservoir d'un agent pathogène pour une espèce et concernant les musaraignes. Le cycle épidémiologique d'A. phagocytophilum chez les rongeurs et les musaraignes semble faire intervenir Ixodes trianguliceps comme vecteur d'A. phagocytophilum en Europe. Ixodes ricinus pourrait éventuellement permettre la transmission de souches, pathogènes pour des animaux (comme AY176591) ou bien zoonotiques (comme AF093788), d'A. phagocytophilum de ces petits mammifères à d'autres espèces de vertébrés.[-]

Cette thèse présente une réflexion sur les cycles épidémiologiques d'Anaplasma phagocytophilum et les rôles joués par mammifères français de grand et moyen gabarit. Elle propose d'abord un état des lieux des connaissances sur cette bactérie, ses vecteurs, ses hôtes vertébrés connus au sein de la faune sauvage, plus particulièrement en Europe, et les méthodes de détection actuelles. La question des animaux réservoirs de souches zoonotiques et/ou pathogènes pour différentes espèces d'animaux domestiques, notamment les ruminants domestiques, se pose avec acuité. Les résultats d'une étude expérimentale menée au sein du groupe VAMP à l'UMR BIPAR sur 272 échantillons issus de différentes espèces (renard, chevreuil, sanglier, lapin, lièvre, fouine et taupe), pour détecter leur infection par A. phagocytophilum, sont présentés. Tous les échantillons présentant une valeur de Ct interprétée comme douteuse lors d'une PCR en temps réel ciblant le gène msp2 ont été testés par PCR nichée ciblant le gène codant pour l'ARNr 16S. Deux échantillons ont donné un résultat positif en qCR et 23 autres en PCR nichée. Les résultats provisoires de notre étude montrent la présence de l'infection chez l'ensemble des espèces testées à l'exception des taupes (mais un seul animal avait été testé), ce qui va dans le sens d'une large gamme d'hôtes animaux. Cependant, les biais de recrutement ne nous permettent pas de déterminer le pourcentage d'infection chez ces espèces de moyens et grands mammifères au-delà des échantillons eux-mêmes ni de spéculer sur leur rôle dans le cycle. Des études supplémentaires seront nécessaires pour affiner la compréhension des cycles épidémiologiques d'A. phagocytophilum et du rôle joué par ces différentes espèces dans les cycles Le typage des échantillons testés positifs reste à réaliser, ainsi que leur séquençage si la qualité et la quantité d'ADN bactérien le rendent possible. Ils pourront permettre, sur la base des séquences déjà disponibles, de mieux cerner l'implication ou non des sangliers, renards, chevreuils etc. dans les cycles de variants zoonotiques et dans ceux dont les ruminants domestiques constituent les espèces cibles.[-]

Le but de cette thèse a été de caractériser les équidés atteints des maladies surveillées par le réseau “fièvre isolée” du RESPE : la theilériose, la babésiose, l'anaplasmose, l'AIE et la fièvre West Nile. Cette surveillance effectuée par le RESPE permet d'obtenir une meilleure détection et prise en charge des agents pathogènes par les vétérinaires. Un tableau de données épidémiologiques et cliniques, collectées par les vétérinaires sentinelles entre novembre 2013 et décembre 2022, a été constitué. Des tests bivariés et multivariés ont permis d'analyser les caractéristiques des équidés atteints uniquement des piroplasmoses et d'anaplasmose, le manque de cas ne permettaient pas de conclure pour l'AIE et la fièvre West Nile. La theilériose provoque majoritairement à l'automne chez les équidés de loisir, vivant au pré, de l'amaigrissement avec une hyperthermie légère et récurrente. Alors que la babésiose provoque majoritairement à l'automne un abattement et une fièvre modérée à marquée et continue chez les équidés de sport vivant principalement au pré, de 9.82 ans en moyenne. La prévalence des piroplasmoses est plus élevée dans le sud, le grand-ouest et le grand Est. Enfin l'anaplasmose provoque aussi un abattement et de l'anorexie et est associée à une hyperthermie marquée. Elle est davantage présente dans le grand Est et le nord ouest français. La prévalence accrue de ces trois maladies au printemps et à l'automne est en corrélation avec la présence plus élevée de tiques à ces périodes-là. L'ACM ne permettait pas de différencier les équidés atteints de babésiose et ceux atteints d'anaplasmose. Par leur similarité, il est nécessaire d'attendre les résultats de laboratoire d'analyse avant de mettre en place un traitement spécifique. Les prévalences des piroplasmoses augmentent avec les années, leur circulation en France est alors un sujet d'actualité, à mettre en relation avec l'augmentation des tiques, entre autres reliée au réchauffement climatique.[-]

Objectifs : Après avoir dressé un état des lieux des connaissances actuelles du portage d'ADN d'Ana plasma phagocytophilum par les oiseaux, il s'agissait de documenter la présence de l'ADN de cette bactérie dans des cadavres d'oiseaux originaires d'Ile-de-France par des techniques de biologie molé-culaire et de comparer sa détection selon le type de prélèvements effectués pour à terme identifier celui/ceux qui est/sont le(s) plus approprié(s) dans l'étude des infections par cet agent pathogène.
Méthodes : Des prélèvements de rate et de foie provenant de 739 oiseaux sauvages (famille des pas-sereaux), morts ou ayant été euthanasiés au ChuvFs et originaires des zones urbaines et péri urbaines d'Ile-de-France et des départements limitrophes, ont été examinés par qPCR msp2 pour détecter l'ADN d'A. phagocytophilum. Seule la peau des individus positifs pour la rate et/ou le foie a ensuite été testée. Des PCR nichées ARNr 16S et typA suivis du séquençage des segments amplifiés ont été réalisées pour confirmer la positivité des échantillons. Ces prélèvements ont été comparés selon différents cri-tères (facilité de prélèvement, état de conservation, rapidité d'extraction de l'ADN, capacité à « concen-trer » la bactérie in vivo). Résultats : Deux jeunes merles noirs (Turdus merula) ont fourni un résultat positif pour l'ADN d'A. pha-gocytophilum, ce qui correspond à une prévalence de 0,27 % (2/739). Ce résultat s'élève à 2,2 % (2/91) s'il est rapporté à l'effectif des merles noirs de l'étude. Enfin, la rate et la peau ont donné les Ct les plus faibles en matière de détection d'A. phagocytophilum chez ces deux oiseaux. Conclusion : Notre étude confirme la présence d'ADN d'A. phagocytophilum chez des merles noirs en Ile-de-France. Ces oiseaux étant autochtones car jeunes, nos résultats suggèrent fortement une infec-tion de source locale, ayant pu résulter d'une piqûre de tiques infectées à partir d'hôtes autochtones ou d'oiseaux migrateurs. Toutefois, ce taux de prévalence faible ne permet pas de spéculer quant à la nature du/des rôle(s) que les hôtes aviaires pourraient jouer – ou pas – dans le(s) cycle(s) d'A. phago-cytophilum. Le typage à partir des échantillons positifs pourrait apporter des pistes et des études com-plémentaires sont à envisager. Il serait notamment intéressant de mener des investigations dans d'autres régions de France, moins urbanisées, en particulier celles où A. phagocytophilum est connue pour circuler activement, afin d'analyser si les résultats sont comparables à ceux d'Ile-de-France et/ou peuvent être reliées à la situation épidémiologique dans ces régions.[-]