La Prostaglandine E2 (PGE2) périconceptionnelle agit sur le développement embryonnaire précoce des embryons de bovins in vitro. Elle intervient dans la cinétique de la première division et plus tardivement dans la résistance à l'apoptose des cellules du blastocyste, le développement du disque embryonnaire et l'élongation du conceptus pendant le développement préimplantatoire. L'embryon bovin au stade deux cellules n'exprime pas encore son génome et vit sur ses réserves d'ARN. Il est ainsi un bon témoin de l'effet de l'environnement périconceptionnel sur son développement. En 2012, afin de comprendre les mécanismes de la PGE2 périconceptionnelle, des embryons bovins ont été produits à partir d'ovocytes prélevés sur des ovaires d'abattoir de Bos taurus, sélectionnés, puis mis en maturation à raison de 50 COCs (complexe cumulus ovocyte) par 500 ^L pendant 22 h, puis en milieu de fécondation pendant 22 h. Enfin, les zygotes présumés ont été cultivés jusqu'à 32 h post-FIV dans un même milieu exempts de sérum. Quatre conditions de milieu de maturation/fécondation ont été définies : NS1PG1, le groupe contrôle (milieu de culture habituel) ; NS3PG1, le groupe inhibé (ajout de 8 ^M de NS-398) ; NS1PG3, le groupe traité (ajout de 1 ^M de PGE2) ; NS3PG3, le groupe inhibé et antagonisé (ajout de 8^M de NS-398 et 1 ^M de PGE2). Après 32 h, la culture a été arrêtée et quatre groupes de 20 embryons par traitement (un groupe par traitement et par séance) ayant atteint le stade deux cellules ont été prélevées et congelés en vue des analyses transcriptomiques. Le profil transcriptomique des groupes d'embryons au stade deux cellules a été réalisé avec la puce EmbryoGENE de 40 000 sondes, suivi d'une étude statistique différentielle avec le package limma du logiciel R. Cette étude statistique, n'avait pas permis de mettre en évidence des différences significatives d'expression entre les différents traitements. La présente thèse a été proposée pour réanalyser les profils transcriptomiques obtenus en 2012 avec un autre outil statistique : GSEA ou Gene Set Enrichment Analysis. En effet, les bases de données sont constamment actualisées grâce aux nouvelles connaissances. De plus, cet outil permet d'analyser les gene sets plutôt que des gènes isolés. Il permet ainsi d'identifier des voies modifiées, même si aucun gène desdites voies n'a été modifié individuellement de manière significative. Le travail réalisé a permis de générer deux listes restreintes de gene sets et donc de gènes potentiellement impliqués dans les mécanismes d'action de la PGE2 périconceptionnelle. Une liste très stricte de sept gene sets et de 426 gènes, composée des gènes enrichis des gene sets avec un FDR < 5 % (False Discovery Rate) et une pvalue < 0,05. Une seconde liste moins stricte de 214 gene sets et 7 582 gènes, composée des gènes des gene sets enrichis avec un FDR < 25 % et une pvalue < 0,05. Cette deuxième approche est choisie lors d'études exploratoires et est donc adaptée au propos de cette thèse. Les gene sets enrichis indiquent que la PGE2 périconceptionnelle agit sur les acteurs de la mitose, le processing posttranscriptionnel des ARN et en particulier sur les ribosomes de l'embryon. Cependant, comme les bases de données sont majoritairement conçues à partir de connaissances sur le transcriptome humain, et principalement pour la recherche de maladies, il sera nécessaire de vérifier ces hypothèses sur l'embryon bovin.
[-]La Prostaglandine E2 (PGE2) périconceptionnelle agit sur le développement embryonnaire précoce des embryons de bovins in vitro. Elle intervient dans la cinétique de la première division et plus tardivement dans la résistance à l'apoptose des cellules du blastocyste, le développement du disque embryonnaire et l'élongation du conceptus pendant le développement préimplantatoire. L'embryon bovin au stade deux cellules n'exprime pas encore son génome ...
