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V
Les virus Influenza touchent de nombreuses espèces. Ils sont fréquemment à l'origine d'épidémies en santé humaine et animale. Ils sont source de zoonose et représentent un enjeu majeur tant en santé publique que d'un point de vue économique. Leur forte propension à muter ainsi que leur génome segmenté leur confère une grande capacité d'évolution et d'échappement aux systèmes immunitaires. Lorsque plusieurs virus Influenza infectent une même cellule, l'aspect segmenté de leur génome leur offre la possibilité de réaliser des réassortiments. L'infection collective des cellules par différentes familles de virus est de plus en plus étudiée pour les avantages qu'elle peut conférer aux populations virales. Certains de ces avantages sont possibles uniquement en cas de segmentation du génome notamment par l'échange de segments. Dans cette thèse nous avons testé différentes méthodes d'infection collective avec les virus influenza A par le biais d'agrégats viraux. Les tentatives d'agrégation avec de la fétuine, des billes avec des étiquettes d'histidine ou des polymères chargés se sont montrées infructueuses. Mais les résultats se sont montrés plus prometteur avec certaines billes chargées positivement sur lesquelles l'agrégation des virus influenza A semble avoir eu lieu, laissant la porte ouverte pour d'autres études sur l'évaluation de l'impact de l'agrégation et des infections collectives sur les populations d'influenza A.
[-] Les virus Influenza touchent de nombreuses espèces. Ils sont fréquemment à l'origine d'épidémies en santé humaine et animale. Ils sont source de zoonose et représentent un enjeu majeur tant en santé publique que d'un point de vue économique. Leur forte propension à muter ainsi que leur génome segmenté leur confère une grande capacité d'évolution et d'échappement aux systèmes immunitaires. Lorsque plusieurs virus Influenza infectent une même ...
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H
Les bronchopneumonies infectieuses (BPI) des jeunes bovins à l'engraissement sont des maladies ayant un impact économique majeur dans cette filière. Leur traitement repose sur l'utilisation d'antibiotiques car leur étiologie implique des virus et des bactéries qui agissent de manière séquentielle et synergique. La détermination étiologique précise de ces maladies est de plus en plus pratiquée, afin d'adapter au mieux les traitements utilisés, notamment dans le but de limiter le risque d'apparition d'antibiorésistance. L'objectif de ce travail de thèse était de produire des connaissances sur le diagnostic étiologique des BPI chez les jeunes bovins à l'engraissement en utilisant les données de prises de température rectale, de prélèvements sanguins, d'écouvillons nasaux profonds, d'échographies pulmonaires et de suivis cliniques à distance. Les données ont été récoltées au cours de l'hiver et du printemps 2023, ce qui représente 497 JB suivis de leur arrivée en élevage jusqu'à leur quatrième semaine d'engraissement. 67 animaux ont été considérés malades au moins un des jours d'examen. Nous avons étudié la relation entre les résultats PCR (à partir des écouvillons nasaux et visant 8 agents pathogènes respiratoires majeurs des bovins) de ces 67 animaux, les données échographiques, les valeurs de lactates et le suivi clinique à l'échelle des cases (unité épidémiologique). Nous avons ainsi montré l'intérêt de l'échographie pulmonaire dans le diagnostic étiologique des BPI chez les jeunes bovins en engraissement. En effet, nous avons montré un lien statistique entre le nombre moyen d'anomalies échographiques et la positivité à Mannheimia haemolytica. De la même façon nous avons montré un lien statistique entre la taille moyenne des anomalies échographiques et la positivité à Mycoplasma bovis. De façon plus générale, nous avons montré un lien statistique entre le nombre moyen d'anomalies échographiques et la positivité à au moins une des trois bactéries étudiées dans notre étude.
[-] Les bronchopneumonies infectieuses (BPI) des jeunes bovins à l'engraissement sont des maladies ayant un impact économique majeur dans cette filière. Leur traitement repose sur l'utilisation d'antibiotiques car leur étiologie implique des virus et des bactéries qui agissent de manière séquentielle et synergique. La détermination étiologique précise de ces maladies est de plus en plus pratiquée, afin d'adapter au mieux les traitements utilisés, ...
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Les virus n'en finissent pas de nous fasciner et de nous faire peur, du fait de leur caractère pathogène pour les plantes et les animaux. Dans les mers et les océans, ils sont des acteurs majeurs du fonctionnement des écosystèmes. Les virus constituent l'entité biologique la plus petite, la plus abondante et la plus diversifiée connue à ce jour en milieu marin, où ils exercent de multiples fonctions. Outre leur rôle dans la mortalité cellulaire et la redistribution de la matière, les virus sont aussi un puissant vecteur d'évolution de leurs hôtes et représentent une source majeure de diversité génétique, riche de découvertes pour la recherche fondamentale et appliquée. Cet ouvrage a pour but de mettre en lumière une communauté biologique invisible et essentielle pour comprendre et expliquer le fonctionnement des océans. Les auteurs, spécialistes de l'écologie et de l'évolution des virus aquatiques, montrent de quelle façon les virus régulent les écosystèmes microbiens, à la base des chaînes alimentaires des océans, et comment leur action pourrait, le cas échéant, agir sur le climat.
Cet ouvrage est destiné aux étudiants en sciences de la vie et de la Terre, enseignants, chercheurs et universitaires, ainsi qu'au grand public intéressé par le sujet des virus et des océans.
[-] Les virus n'en finissent pas de nous fasciner et de nous faire peur, du fait de leur caractère pathogène pour les plantes et les animaux. Dans les mers et les océans, ils sont des acteurs majeurs du fonctionnement des écosystèmes. Les virus constituent l'entité biologique la plus petite, la plus abondante et la plus diversifiée connue à ce jour en milieu marin, où ils exercent de multiples fonctions. Outre leur rôle dans la mortalité cellulaire ...
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Les cryptosporidioses sont des maladies parasitaires zoonotiques d'importance majeure en santé humaine comme en santé animale. Elles sont à l'origine de pertes économiques majeures en élevage. La découverte d'un symbionte viral chez Cryptosporidium, nommé Cryspovirus, a rebattu les cartes de la compréhension de la pathogénie et de l'épidémiologie de ce parasite. L'objet de ce travail était, après une étude bibliographique retraçant les principales caractéristiques de C. parvum et de Cryspovirus, de mettre en évidence la présence de CSpV-1 dans des échantillons de matières fécales recueillis sur le terrain ainsi qu'une analyse épidémiologique des clades de Cryspovirus circulant chez l'homme et les ruminants en France. Ce travail a conduit à la réalisation de plusieurs PCR sur des échantillons collectés sur le terrain dans des élevages ovins et bovins ainsi que sur des échantillons d'origine humaine fournis par le Centre national de référence des cryptosporidies du CHU de Rouen. L'objectif était dans un premier temps de confirmer la présence d'une cryptosporidie dans l'échantillon puis de tester la présence des ARN viraux et enfin de les séquencer. Nous avons montré que le Cryspovirus est très répandu parmi les lignées de cryptosporidies en France, et ce dans plusieurs espèces (humain, ovin, bovin). Il s'agit de la première description du Cryspovirus en France dans des lignées de Cryptosporidium isolées chez l'être humain. Ce Cryspovirus est un virus à ARN qui présente un mode de transmission tout à fait original, par voie verticale exclusivement. La présence de ce virus dans les cryptosporidies semble être à l'origine d'une fécondité et d'une infectiosité majorée, sans que le mode d'action précis ne soit pour l'instant clairement identifié. L'hypothèse la plus probable est une action du virus sur la voie de l'interféron gamma chez l'hôte mammifère qui permet au parasite d'échapper au système immunitaire. La prévalence observée de CSpV-1 au cours des manipulations était de près de 85% toutes espèces confondues. De nouvelles expériences doivent maintenant être entreprises sur cultures cellulaires afin de quantifier précisément l'effet de l'infection de Cryptosporidium par Cryspovirus.
[-] Les cryptosporidioses sont des maladies parasitaires zoonotiques d'importance majeure en santé humaine comme en santé animale. Elles sont à l'origine de pertes économiques majeures en élevage. La découverte d'un symbionte viral chez Cryptosporidium, nommé Cryspovirus, a rebattu les cartes de la compréhension de la pathogénie et de l'épidémiologie de ce parasite. L'objet de ce travail était, après une étude bibliographique retraçant les ...
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Comprehensive reference work on the bacterial, fungal, and viral pathogens that cause animal diseases.
Veterinary Microbiology, Fourth Edition presents comprehensive information based on the most recent research, diagnostic, and clinical publications for bacterial, fungal, and viral animal diseases. The information provided is intended to be most relevant for veterinary students and practitioners.
The text is supported throughout by high-quality and full-color images to aid learning. A companion website offers chapter content, supplemental information, and figures from the book in PowerPoint format. Sample topics discussed within the book include:
- Pathogenic bacteriology: includes major classifications and genera of bacteria associated with veterinary infectious disease
- Pathogenic mycology: dermatophytes, agents of subcutaneous mycoses, and agents of systemic mycoses
- Pathogenic virology: includes RNA and DNA viruses as well as prions associated with veterinary infectious disease
[-] Comprehensive reference work on the bacterial, fungal, and viral pathogens that cause animal diseases.
Veterinary Microbiology, Fourth Edition presents comprehensive information based on the most recent research, diagnostic, and clinical publications for bacterial, fungal, and viral animal diseases. The information provided is intended to be most relevant for veterinary students and practitioners.
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Les Chiroptères sont considérés comme un réservoir majeur de virus zoonotiques et potentiellement zoonotiques. Il est donc essentiel d'étudier leur virome et de comprendre les facteurs l'influençant. Ce travail de synthèse bibliographique évoque d'abord la diversité des caractéristiques écologiques présentes dans l'ensemble des espèces de chiroptères et leur impact sur la richesse virale pour définir les paramètres semblant favoriser cette richesse. Après un rappel des méthodes d'analyse d'un virome et des biais liés à la technologie et au choix du type de prélèvement, une synthèse des facteurs de variation de la richesse virale observés dans la littérature est réalisée. Des paramètres propres à une espèce ou à une colonie sont décrits. Certains favorisent la richesse virale comme la taille, l'espérance de vie et le nombre de portées par an. D'autres l'influencent négativement comme l'altitude, la latitude, la proportion d'adultes et l'anthropisation du territoire.
[-] Les Chiroptères sont considérés comme un réservoir majeur de virus zoonotiques et potentiellement zoonotiques. Il est donc essentiel d'étudier leur virome et de comprendre les facteurs l'influençant. Ce travail de synthèse bibliographique évoque d'abord la diversité des caractéristiques écologiques présentes dans l'ensemble des espèces de chiroptères et leur impact sur la richesse virale pour définir les paramètres semblant favoriser cette ...
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La véritable histoire des virus comme on ne vous l'a jamais racontée !
Des virus, on connaît souvent le pire, voici qu'un livre nous en révèle toutes les facettes.
Savez-vous par exemple que ce sont des virus qui ont permis à notre espèce humaine de fabriquer un placenta, ou que certains d'entre eux nous aident à nous défendre contre d'autres virus ? Deux avantages décisifs dans l'évolution. Alors, ennemis ou alliés ? Une chose est sûre, les virus sont bien plus anciens que l'humanité. Insolites, fascinants, incasables, ils excitent la curiosité des chercheurs.On en connaît des minuscules et des cinquante fois plus gros, certains parasitent leurs propres congénères, d'autres, comme le SARS-CoV-2, sautent la barrière d'espèce pour nous contaminer. D'ailleurs, comment les classer : sont-ils même des êtres vivants ? Et demain, que nous réservent-ils ? [4ème de couv.]
[-] La véritable histoire des virus comme on ne vous l'a jamais racontée !
Des virus, on connaît souvent le pire, voici qu'un livre nous en révèle toutes les facettes.
Savez-vous par exemple que ce sont des virus qui ont permis à notre espèce humaine de fabriquer un placenta, ou que certains d'entre eux nous aident à nous défendre contre d'autres virus ? Deux avantages décisifs dans l'évolution. Alors, ennemis ou alliés ? Une chose est sûre, les ...
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Le virus Usutu est un arbovirus zoonotique de la famille des Flaviviridae émergent depuis quelques années en Europe et dont l'épizootie lors de l'été 2018, a engendré une forte mortalité au sein de l'avifaune sauvage et captive (parcs zoologiques). Afin d'élaborer des moyens de prévention au sein des zoos, nous avons travaillé autour de deux leviers de prophylaxie primaire : la lutte vectorielle et la vaccination. L'étude des vecteurs a montré, via une campagne de prospection vectorielle durant les années 2019-2020 dans les parcs zoologiques d'Amnéville, de Mulhouse et de Sainte Croix, qu'il existe au sein de ces derniers de nombreux gîtes entomologiques, expliquant la forte présence de moustiques d'Avril à Octobre. Le genre Culex prédomine, suivi des genres Aedes et Culiseta, signifiant la présence d'espèces mises en cause dans la vectorisation du virus Usutu et donc un risque de transmission de la maladie pour l'avifaune captive. Si les screening par Rt-PCR ont montré que le virus ne semblait pas circuler au sein des espèces vectorielles, l'analyse des repas sanguins des individus capturés par barcoding met en évidence un accès significatif des vecteurs à l'avifaune captive, signant d'une inefficacité des moyens de prévention mis en place actuellement et d'un réel risque pour les espèces sensibles en cas de résurgence du virus. Raison pour laquelle nous avons mis en place une plaquette récapitulative à l'adresse des parcs zoologiques, listant les moyens de lutte anti-vectorielle efficaces comme l'élimination des gites larvaires, le confinement des espèces sensibles ou encore les traitements insecticides. Pour la mise en place d'une vaccination, nous avons fait l'hypothèse de l'existence d'une immunité croisée, propriété inhérente aux Flavivirus, entre le virus Usutu et le virus West-Nile, les deux virus présentant de grandes similitudes moléculaires, antigéniques et cliniques. Hypothèse que nous avons vérifiée expérimentalement sur le modèle murin en injectant à des souris immunodéficientes un vaccin West-Nile et en les infectant secondairement avec le virus Usutu et qui a été confirmée, toutes les souris vaccinées ayant non seulement survécu à l'infection mais ayant été également protégées des symptômes induits par le pathogène (syndrome fébrile, troubles nerveux), excepté d'une perte de poids, récurrente même chez les vaccinées. Une double vaccination semble plus appropriée qu'une injection unique, minorant la dite perte de poids ainsi que la virémie des sujets. Cette étude offre donc aux parcs zoologiques français plusieurs outils de prophylaxie efficaces afin d'être prêts à endiguer une prochaine épizootie.
[-] Le virus Usutu est un arbovirus zoonotique de la famille des Flaviviridae émergent depuis quelques années en Europe et dont l'épizootie lors de l'été 2018, a engendré une forte mortalité au sein de l'avifaune sauvage et captive (parcs zoologiques). Afin d'élaborer des moyens de prévention au sein des zoos, nous avons travaillé autour de deux leviers de prophylaxie primaire : la lutte vectorielle et la vaccination. L'étude des vecteurs a montré, ...
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All five editions of this textbook have been written according to the authors' philosophy that the best approach to teaching introductory virology is by emphasizing shared principles. Studying the common steps of the viral reproductive cycle illustrated with a set of representative viruses, and considering mechanisms by which these viruses can cause disease, provides an integrated overview of the biology of these infectious agents. Such knowledge cannot be acquired by learning a collection of facts about individual viruses. Consequently, the major goal of this book is to define and illustrate the basic principles of virus biology. In this information-rich age, the quantity of data describing any given virus can be overwhelming, if not indigestible, for student and expert alike. The urge to write more and more about less and less is the curse of reductionist science and the bane of those who write textbooks meant to be used by students. In the fifth edition, we continue to distill information with the intent of extracting essential principles, while providing descriptions of how the information was acquired, and tools to encourage our readers' exploration of the primary literature. Boxes are used to emphasize major principles and to provide supplementary material of relevance, from explanations of terminology to descriptions of trailblazing experiments. Our goal is to illuminate process and strategy as opposed to listing facts and figures. In an effort to make the book readable, we have been selective in our choice of viruses that are used as examples. The encyclopedic Fields' Virology (Knipe DM, Howley PM (ed). 2020. Fields Virology, 7th ed. Lippincott Williams & Wilkins, Philadelphia, PA.) is recommended as a resource for detailed reviews of specific virus families.
[-] All five editions of this textbook have been written according to the authors' philosophy that the best approach to teaching introductory virology is by emphasizing shared principles. Studying the common steps of the viral reproductive cycle illustrated with a set of representative viruses, and considering mechanisms by which these viruses can cause disease, provides an integrated overview of the biology of these infectious agents. Such ...
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Dans le cadre de l'étude 'Abeille sentinelle' (Apis mellifera) témoin de la pollution de l'environnement : étude sur un transect paysager en Pays de Loire, une étude écopathologique a été réalisée durant les années 2008 et 2009. L'objectif de cette étude était de réaliser un suivi sanitaire des colonies de 18 ruchers dans l'Ouest de la France. A l'aide de visites sanitaires des colonies réalisées à 4 reprises durant les deux années et à l'aide d'analyses de détection par PCR (Polymerase Chain Reaction) réalisées à partir de prélèvements biologiques réalisés durant 4 campagnes de prélèvement en 2009, le portage de 12 agents infectieux (AVP : Agents Vivants supposés Pathogènes) a ainsi pu être déterminé à l'échelle des colonies, des ruchers et des paysages étudiés. Lors des visites, les colonies se sont révélées en grande partie en bonne santé, sans expression clinique notable. Les analyses d'AVP ont révélé un portage important d'agents infectieux dans les colonies, avec quelques variations périodiques en lien avec l'activité de l'Abeille. Un portage majeur et majoritairement a symptomatique d'agents infectieux a donc été constaté sur les colonies étudiées. Certains des AVP étudiés ont pu être mis en relation avec le devenir des colonies en fin d'étude (mort / survie).
[-] Dans le cadre de l'étude 'Abeille sentinelle' (Apis mellifera) témoin de la pollution de l'environnement : étude sur un transect paysager en Pays de Loire, une étude écopathologique a été réalisée durant les années 2008 et 2009. L'objectif de cette étude était de réaliser un suivi sanitaire des colonies de 18 ruchers dans l'Ouest de la France. A l'aide de visites sanitaires des colonies réalisées à 4 reprises durant les deux années et à l'aide ...
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