La communauté scientifique a pris conscience qu'il était nécessaire de mieux caractériser les interfaces domestique-non domestique pour comprendre l'épidémiologie de nombreux agents pathogènes, comme les virus influenza aviaires.Le rôle de l'avifaune dans leur transmission reste débattu. Nous avons donc entrepris un protocole d'étude d'interface par observation directe des parcours d'un élevage de canards de la filière foie gars du sud-ouest de la France. Pour cela, 87 sessions d'observations ont été réalisées pendant 10 mois permettant l'élaboration d'un réseau de contacts. Parmi les 42 espèces recensées, la Bergeronnette grise (Motacilla alba) domine largement en étant présente pendant 84% des sessions. La présence de canards ainsi que les terrains découverts favoriseraient sa visite des parcours. Les moineaux domestique et friquet (Passer domesticus et Passer montanus) apparaissent quant à eux pendant 79% des sessions. Le réseau semble en plus souligner que ces espèces font le lien entre les canards les autres espèces d'oiseaux de l'environnement de la ferme.[-]

L'hématologie aviaire est une discipline en développement, qui permet d'apporter un éclairage sur la santé des individus. Le cincle plongeur est un passereau courant en France, qui, de par sa position dans le réseau trophique, peut fournir des informations sur l'état de santé globale de son écosystème. Cette thèse présente les caractéristiques bioécologiques de l'espèce, ainsi que les principes et méthodes en hématologie aviaire, axés sur les particularités des oiseaux. Dans un second temps, ce travail vise par l'analyse de 150 frottis sanguins réalisés en 2021 à partir de cincles plongeurs capturés dans le massif de la Chartreuse, l'établissement d'intervalles de référence de la formule leucocytaire chez cette espèce considérée comme bioindicatrice du milieu. Une analyse des principaux facteurs de variation des paramètres hématologiques est ensuite réalisée. Ce travail élargit ainsi la base de données disponibles en hématologie aviaire et fournit des valeurs de référence pour des études ultérieures sur cette espèce. Un atlas d'hématologie est également présenté, permettant une reconnaissance facile des différentes cellules sanguines chez le cincle plongeur.[-]

Le barcoding est un outil récent développé à des fins d'identification d'organismes à partir de séquences d'ADN courtes situées sur des gènes communs à un groupe d'organismes et dont les fines différences permettent de distinguer les espèces. Cet outil a peu été utilisé dans le cadre d'études d'interfaces entre faune domestique et faune sauvage. Pourtant il est indispensable d'identifier les espèces en jeu au niveau de ces interfaces afin de mieux comprendre les contacts possibles. Ainsi, dans cette thèse nous proposons d'utiliser cette technique et mettant en place un protocole adapté de techniques déjà décrites. Une étude préliminaire est donc menée afin de faire le point sur les connaissances en forte évolution et d'adapter l'outil à l'étude et à ses spécificités. La mise à l'épreuve de différents kits d'extraction, de méthodes de traitement de l'échantillon de départ, et de différentes paires d'amorces ont pu permettre d'optimiser les méthodes en usant du matériel et des technologies disponibles. Nous avons pu mettre en place une méthode systématisée basée sur une concentration de l'ADN par filtration puis une extraction par un kit d'extraction commercial générique suivi d'une amplification par PCR quantitative à l'aide d'amorces spécifiques (Aves 02) et finalement d'un séquençage par méthode Sanger. Les séquences obtenues, confrontées à la base de données Genbank©, conduisent à l'identification des espèces présentes dans l'échantillon. Ce protocole de metabarcoding vise à terme la détection et la caractérisation d'espèces d'oiseaux sauvages évoluant en contact direct d'élevages avicoles par l'exploitation de prélèvements environnementaux.   Barcoding is a recent tool implemented to identify organisms using short DNA sequences belonging to shared genes by a group of organisms and which present tiny differences allowing to discriminate species. The tool has little been used in the study of the interfaces between wild avifauna and domestic animals. Therefore, it is important to identify the species at stake to understand the possible interactions between them. In this thesis, we propose to use barcoding ty implementing a protocol, inspired by these already described in the literature. A preliminary study is conducted to take stock on the knowledge of an evolving discipline and adapt the tool to the study with its specificities. The test of various extraction kits, processing methods of initial samples, and several primers allowed to optimize the protocol using technologies and equipment available. We implemented a method based on DNA concentration, filtration and extraction by a generic extraction kit followed by a quantitative PCR using specific primers (Aves 02) and a final sequencing by Sanger method. The sequences compared with Genbank© data base led to the identification of the species present in the samples. This protocol aims to detect and characterize wild birds species evolving at direct contact of poultry farming by the use of environmental samples[-]

Les oiseaux aquatiques accueillis dans les centres de faune sauvage sont la plupart du temps porteurs de parasites, dont les trématodes. L'objectif de ce travail de thèse est une synthèse de la littérature concernant ces trématodoses. Une première partie présente l'écologie des différents oiseaux aquatiques européens ainsi qu'un recensement des principales espèces admises dans les centres de sauvegarde de la faune sauvage de France. Une deuxième partie développe les caractéristiques des trématodes retrouvés chez ces oiseaux et l'épidémiologie de ces infestations, même si les particularités des 151 espèces de trématodes étudiées rendent difficile la distinction de généralités. Les trématodes sont retrouvés dans presque tous les organes des hôtes définitifs. Des préférences de sexe ou d'âge sont souvent suspectées – rarement mises en évidence – et dépendraient de différences d'alimentation ou de variations de l'immunité de l'oiseau. Prévalences et intensités diffèrent beaucoup selon les couples oiseau/trématode et varient de quelques trématodes chez un individu à plusieurs centaines chez plus de 80% des individus d'une population. Ce travail s'intéresse de plus à la pathogénicité des trématodes et offre un aperçu des différentes lésions liées à la présence de trématode, même si la majorité des études décrivent les trématodoses comme asymptomatiques. La troisième partie présente les différents outils diagnostiques disponibles du vivant de l'animal ou à l'autopsie. Cette section est illustrée par des observations directes et histologiques de trématodes obtenus lors d'autopsies d'oiseaux aquatiques réalisées au CHUV-FS (EnvA). Les protocoles thérapeutiques et prophylactiques de la littérature à mettre alors en place sont ensuite résumés. Enfin, la dernière partie révèle l'importance de ces trématodoses dans les domaines zoologique, économique (élevage avicole et pisciculture) et surtout pour la santé publique, puisque certains de ces trématodes affectent l'homme.[-]

Le virus Usutu est un arbovirus zoonotique de la famille des Flaviviridae émergent depuis quelques années en Europe et dont l'épizootie lors de l'été 2018, a engendré une forte mortalité au sein de l'avifaune sauvage et captive (parcs zoologiques). Afin d'élaborer des moyens de prévention au sein des zoos, nous avons travaillé autour de deux leviers de prophylaxie primaire : la lutte vectorielle et la vaccination. L'étude des vecteurs a montré, via une campagne de prospection vectorielle durant les années 2019-2020 dans les parcs zoologiques d'Amnéville, de Mulhouse et de Sainte Croix, qu'il existe au sein de ces derniers de nombreux gîtes entomologiques, expliquant la forte présence de moustiques d'Avril à Octobre. Le genre Culex prédomine, suivi des genres Aedes et Culiseta, signifiant la présence d'espèces mises en cause dans la vectorisation du virus Usutu et donc un risque de transmission de la maladie pour l'avifaune captive. Si les screening par Rt-PCR ont montré que le virus ne semblait pas circuler au sein des espèces vectorielles, l'analyse des repas sanguins des individus capturés par barcoding met en évidence un accès significatif des vecteurs à l'avifaune captive, signant d'une inefficacité des moyens de prévention mis en place actuellement et d'un réel risque pour les espèces sensibles en cas de résurgence du virus. Raison pour laquelle nous avons mis en place une plaquette récapitulative à l'adresse des parcs zoologiques, listant les moyens de lutte anti-vectorielle efficaces comme l'élimination des gites larvaires, le confinement des espèces sensibles ou encore les traitements insecticides. Pour la mise en place d'une vaccination, nous avons fait l'hypothèse de l'existence d'une immunité croisée, propriété inhérente aux Flavivirus, entre le virus Usutu et le virus West-Nile, les deux virus présentant de grandes similitudes moléculaires, antigéniques et cliniques. Hypothèse que nous avons vérifiée expérimentalement sur le modèle murin en injectant à des souris immunodéficientes un vaccin West-Nile et en les infectant secondairement avec le virus Usutu et qui a été confirmée, toutes les souris vaccinées ayant non seulement survécu à l'infection mais ayant été également protégées des symptômes induits par le pathogène (syndrome fébrile, troubles nerveux), excepté d'une perte de poids, récurrente même chez les vaccinées. Une double vaccination semble plus appropriée qu'une injection unique, minorant la dite perte de poids ainsi que la virémie des sujets. Cette étude offre donc aux parcs zoologiques français plusieurs outils de prophylaxie efficaces afin d'être prêts à endiguer une prochaine épizootie.[-]

Les infections au virus Usutu (USUV) des oiseaux en France sont relativement peu étudiées à l'heure actuelle. Néanmoins, les dommages qu'elles peuvent occasionner chez certaines populations aviaires et notamment chez des populations captives de Strigiformes dont des chouettes lapones (Strix nebulosa) en 2018 ont suscité un intérêt marqué de la part des vétérinaires exerçant en parc zoologique. Cette thèse s'ouvre par une synthèse bibliographique présentant l'USUV et ses vecteurs, son impact sur les oiseaux infectés et hôtes accidentels (dont l'Homme) et les méthodes de diagnostic utilisées. Parallèlement, elle présente les espèces de rapaces nocturnes et diurnes (respectivement les Strigiformes et Accipitriformes) majoritairement présentes en parc zoologique. La deuxième partie présente un travail personnel réalisé en collaboration avec l'unité de virologie flavivirus de l'Anses de Maisons-Alfort et l'Association Francophone de Vétérinaires en Parc Zoologique (AFVPZ). Il s'agit d'une étude expérimentale réalisée sur trois années consécutives (de 2018 à 2020) au sein de 13 parcs zoologiques français. Dans un premier temps, le but de cette étude était d'estimer la situation actuelle de l'infection par l'USUV chez l'ensemble de l'avifaune captive des parcs zoologiques français. Dans un second temps, l'objectif était de mettre en évidence des facteurs de risque et de protection d'infection par l'USUV afin d'en extraire des recommandations applicables en parc zoologique. Enfin, l'évolution de l'immunité anti-USUV a été étudiée afin de caractériser la qualité de cette immunité dans le temps. L'utilisation d'un test sérologique ELISA flavivirus associé à une séroneutralisation sur culture cellulaire a permis d'identifier une prévalence moyenne d'infection par l'USUV de 35% chez les oiseaux en parcs zoologiques français, toutes espèces confondues. Aucun ordre d'oiseau ni parc zoologique de l'étude n'est épargné. Notamment, la séroprévalence des Strigiformes s'élève à 45% et celle des vautours (Accipitriformes) à 42%. On a montré que les individus indemnes d'USUV et vivant dans une volière étaient plus à risque d'infection. L'ouest de la France a été identifié comme étant la zone la plus à risque. A contrario, la mise en place d'une moustiquaire, le mode de vie confiné et l'utilisation d'antiparasitaire externe se révèlent être des facteurs efficaces de protection face aux infections par l'USUV. Enfin, on a mis en évidence une stabilité des titres en anticorps anti-USUV sur les trois années qu'a duré notre étude, témoignant d'une immunocompétence acquise. De nouvelles infections en nombre anecdotique ont eu lieu entre 2018 et 2020, nous permettant alors d'assurer que les étés 2019 et 2020 n'ont pas été des épizooties majeures.[-]