L'antibiorésistance des bactéries environnementales est un sujet d'importance croissante, certaines résistances pouvant être transmises entre des bactéries environnementales et des bactéries pathogènes, pour l'homme ou les animaux. Dans du plan Eco-antibio 2, une étude a été réalisée pour évaluer l'antibiorésistance d'une bactérie environnementale, Escherichia coli, au sein de deux piscicultures bretonnes et dans les selles des pisciculteurs travaillant sur ces sites. Cette étude a permis de mettre en évidence de nombreuses souches d'Escherichia coli dans l'eau des piscicultures et les selles de pisciculteurs. Ces souches présentent en majorité au moins une résistance à l'un des antibiotiques testés. La résistance la plus fréquemment retrouvée est celle à l'oxytétracycline, suivie de la résistance à la colistine, dont la fréquence d'isolement est supérieure à ce qui avait été documenté pour E. coli dans la littérature. Une étude sur les gènes de résistances portés par les bactéries et pouvant être transmis aux bactéries pathogènes pourrait permettre d'évaluer le risque que ces bactéries représentent pour l'antibiorésistance de bactéries pathogènes, en médecine vétérinaire ou humaine.[-]