La communauté scientifique a pris conscience qu'il était nécessaire de mieux caractériser les interfaces domestique-non domestique pour comprendre l'épidémiologie de nombreux agents pathogènes, comme les virus influenza aviaires.Le rôle de l'avifaune dans leur transmission reste débattu. Nous avons donc entrepris un protocole d'étude d'interface par observation directe des parcours d'un élevage de canards de la filière foie gars du sud-ouest de la France. Pour cela, 87 sessions d'observations ont été réalisées pendant 10 mois permettant l'élaboration d'un réseau de contacts. Parmi les 42 espèces recensées, la Bergeronnette grise (Motacilla alba) domine largement en étant présente pendant 84% des sessions. La présence de canards ainsi que les terrains découverts favoriseraient sa visite des parcours. Les moineaux domestique et friquet (Passer domesticus et Passer montanus) apparaissent quant à eux pendant 79% des sessions. Le réseau semble en plus souligner que ces espèces font le lien entre les canards les autres espèces d'oiseaux de l'environnement de la ferme.[-]

Les virus influenza aviaires H5 représentent une préoccupation majeure pour les autorités sanitaires mondiales. Ils sont un danger à la fois pour les filières d'élevages et pour la santé publique. Leur contrôle, que ce soit par des mesures sanitaires ou par la vaccination, a été un enjeu capital dans tous les pays touchés. Cette étude bibliographique a pour objectif d'évaluer l'efficacité des vaccins basés sur des souches H5 utilisées sur le terrain. Nous avons regroupé les résultats de nombreuses études portant sur plusieurs vaccins inactivés, issus de techniques de génétique inverse ou vectorisés. Pour chaque vaccin, nous avons regroupé les données du corrélat de protection qu'est l'inhibition de l'hémagglutination, de la protection contre la mortalité et de l'impact sur l'excrétion virale des animaux vaccinés. Les résultats nous montrent que la dérive antigénique des virus influenza est un obstacle important à l'efficacité des vaccins qui diminue avec l'évolution des souches circulantes. La stratégie vaccinale la plus adaptée pour répondre aux virus influenza aviaire H5 serait donc l'utilisation de vaccins pour lesquels l'antigène exprimé est facilement adaptable à la souche identifiée sur le terrain. Pour cela, le vaccin doit permettre une application efficace des stratégies DIVA. Cependant, aucune stratégie vaccinale ne peut fonctionner sans être associée à des mesures sanitaires strictes.[-]

L'attrapage est une étape à risque car elle représente un flux de personnes et de véhicules. Afin d'y décrire l'état de biosécurité, quarante éleveurs de poulets ont été enquêtés en région Nouvelle-Aquitaine, sur leurs connaissances attitudes et pratiques. Un défaut d'observance a été révélé, avec des points faibles sur la décontamination des mains et chaussures, et sur le changement de tenue. 35% des éleveurs ne perçoivent pas de différence de risque entre un ramassage total et multiple, et aucune différence du niveau de biosécurité n'a été observée entre ces deux situations. Les enlèvements multiples nécessitent dans 43% des cas au moins trois chantiers, et s'étalent en moyenne sur 3,8 jours. Presque tous les éleveurs font appel à des attrapeurs professionnels (n=38), qui ont une meilleure biosécurité que les proches (n=9). Quatre profils d'éleveurs ont été identifiés sur la base de leurs connaissances et attitudes, mais aucune différence de biosécurité n'a été révélée entre eux.   L'attrapage est une étape à risque car elle représente un flux de personnes et de véhicules. Afin d'y décrire l'état de biosécurité, quarante éleveurs de poulets ont été enquêtés en région Nouvelle-Aquitaine, sur leurs connaissances attitudes et pratiques. Un défaut d'observance a été révélé, avec des points faibles sur la décontamination des mains et chaussures, et sur le changement de tenue. 35% des éleveurs ne perçoivent pas de différence de risque entre un ramassage total et multiple, et aucune différence du niveau de biosécurité n'a été observée entre ces deux situations. Les enlèvements multiples nécessitent dans 43% des cas au moins trois chantiers, et s'étalent en moyenne sur 3,8 jours. Presque tous les éleveurs font appel à des attrapeurs professionnels (n=38), qui ont une meilleure biosécurité que les proches (n=9). Quatre profils d'éleveurs ont été identifiés sur la base de leurs connaissances et attitudes, mais aucune différence de biosécurité n'a été révélée entre eux.[-]

Ce travail est une étude de l'impact de l'épizootie d'IAHP 2016-2017 sur le réseau de transport de palmipèdes à foie gras, et du rôle potentiel joué par les véhicules de transport dans la propagation du virus. Nous avons constaté que le réseau de transport a été fortement perturbé pendant l'épizootie, avec une activité de plus en plus réduite, due aux mesures restrictives mises en place par le gouvernement. Nous avons constaté que les mouvements de véhicules pouvaient avoir joué un rôle minime mais crucial dans la dissémination du virus, que ce soit par le portage passif de particules virales ou par le transfert d'animaux infectés d'un élevage à un autre. Ainsi, une attention particulière à la bonne mise en place des mesures de biosécurité en élevage, et des études supplémentaires sur le sujet sont recommandées.   This work is a study of the effect of 2016-2017 IAHP epizootic on the transport of fattening ducks network, and of the potential role played by transport vehicles on virus spreading. We found that transport network was strongly disrupted during the epizootic, with an constantly reducing activity, due to the restrictives measures applied by the government. We found that vehicles movements could have play a minimal but crucial role in virus spreading, either by passive carrying of fomites, either by introducing infected animals from holdings to another. Thus, a particular attention for applying correctly biosecurity measures in holdings, and further studies about the subject are recommanded.[-]

Les épizooties d'influenza aviaire hautement pathogène ayant touché les élevages avicoles français en 2015-2016, 2016-2017 et plus récemment en 2020-2021, avec d'importantes conséquences à la fois sanitaires et économiques, ont mis en lumière l'importance de la gestion de la biosécurité en aviculture. L'arrêté du 8 février 2016 a instauré un cadre réglementaire strict et de nouvelles mesures à respecter en élevage. Les contrôles officiels réalisés ont mis en évidence des manquements dans l'observance de la nouvelle réglementation. Toutefois, peu d'études ont été réalisées dans les élevages en circuit court. L'objectif de cette thèse est d'analyser le fonctionnement des élevages de volailles en circuit court afin de mettre en évidence les problématiques de biosécurité en lien avec leur mode de production. Cette étude s'est basée sur des entretiens semi-directifs menés auprès de 20 éleveurs de poules pondeuses, volailles de chair maigre et palmipèdes gras produisant en circuit court, répartis au sein de sept départements du Sud-Ouest. Ces entretiens ont montré que la volonté d'authenticité, de respect du bien-être animal, la maîtrise des objectifs de production et de commercialisation ainsi que la communication directe avec la clientèle sont des valeurs centrales pour les éleveurs. Les élevages enquêtés comportaient fréquemment des productions diversifiées, avec différents types de productions de volailles voire d'autres espèces, ou la présence de cultures. Les éleveurs décrivaient diverses difficultés quant à l'application des normes de biosécurité, notamment économiques, de gestion d'espace ou de temps, en lien avec leur grand nombre de bandes et leur activité diversifiée. Des problématiques concernant les visites par la clientèle ont également été soulevées. La perception du risque autour des voies d'entrées en élevage du virus influenza aviaire variait selon les éleveurs, ainsi que l'utilité et l'efficacité perçue des mesures de biosécurité. Certains éleveurs jugeaient les normes comme trop imprécises ou équivoques ce qui pouvait notamment poser problème lors des contrôles officiels ; la réglementation a également été décrite comme pénalisante pour les élevages en circuit court et plus adaptée aux exploitations en filière organisée. Chaque acteur de la filière avicole doit avoir une bonne observance des mesures de biosécurité afin de permettre une lutte efficace contre le virus influenza aviaire et prévenir de futures épizooties. Cela concerne également les élevages en circuit court, qui semblent ici rencontrer des difficultés dans l'appropriation et l'application de la nouvelle réglementation, parfois du fait de spécificités propres à leur mode de production. Les problématiques soulevées dans cette étude constituent des pistes dans la recherche de facteurs d'observance des pratiques de biosécurité en circuit court.[-]

L'objectif de ce travail est de développer une méthode d'analyse de l'évolution de l'HA des virus influenza aviaires, virus avec un enjeu sanitaire et économique important. Pour déterminer les sites préférentiels d'insertion de nucléotides dans a séquence d'HA et si certaines séquences nucléotidiques sont associées à un plus fort taux d'insertion, nous avons réalisé de la mutagénèse dirigée pour produire des plasmides contenant une HA non fonctionnelle car présentant une codon stop ATG à la place de son codon départ. Puis un protocole de génétique inverse avec une transcomplémentation a été utilisé. L'utilisation de cellules MDCK exprimant à leur surface une HA transcomplémentantea permis le production de virions possédant un segment HA muté ?ATG. Cependant l'amplification des virus obtenus n'a pas fonctionné. D'autres expériences doivent compléter notre étude.   The objective of our study is to develop a method for analyzing the evolution of HA ofavian influenza viruses, viruses with a major health and economic effect. To determine the preferred nucleotide insertion sites in the HA sequence and whether some nucleotide sequences are associated with a higher rate of insertion, we performed site-directed mutagenesis to produce plasmids containing a non-functional HA because it has an ATG stop codon in place of its start codon. Then a reverse genetics protocol with transcomplementation wasused. The use of MDCK cells expressing on their surface an HA allowed the production of virion possessing a mutated HA ?ATG segment. However, the amplification of the resulting viruses did not work. Other experiences should complement our study.[-]

La crise d'influenza aviaire de 2015/2016 du Sud-ouest de la France a entraîné la formation d'une zone de restriction avec réalisation d'un vide sanitaire généralisé dans la filière palmipèdes à foie-gras. L'étude réalisée sur des prélèvements sanguins de palmipèdes de la zone montre une séroprévalence H5 élevée. L'analyse de la provenance des oiseaux séropositifs indique une influence des tailles de lots en élevage et en gavage et de la spécialisation des exploitants. Les lots d'élevage importants, entrainant une multitude d'intervenants et une répartition des canards sur de plus nombreuses salles de gavage, sont les plus à risque. Les transports d'une exploitation à l'autre sont évoqués comme une des causes principales de la grande zone de séroprévalence observée.[-]

Depuis 2009, le virus de l'influenza aviaire faiblement pathogène H9N2 circule en Tunisie, provoquant d'importantes pertes économiques pour la filière avicole et suscitant des inquiétudes de par son potentiel zoonotique. Cette étude analyse une série de variables agro-environnementales dans le but d'identifier des facteurs de risque spatiaux associés au virus H9N2 en élevage avicole. L'analyse porte sur des données sérologiques collectées entre octobre 2010 et mai dans 800 élevagescommerciaux non vaccinés de poulets de chair, poules pondeuses, reproducteurs et dindes, situés dans 20 des 24 gouvernorats tunisiens. Trois variables ont été identifiées comme fortement associées à la présence du virus: la distance à la rivière la plus proche, la distance à la route la plus proche et enfin la présence d'élevages de dindes dans une zone tampon de 5 km. Dans une moindre mesure, la distance aux élevages de poulettes et de poules pondeuses, ainsi que les précipitations annuelles ont également été trouvés associés au risque d'infection des élevages par H9N2. Ces résultats pourront permettre d'orienter et d'intensifier la surveillance dans les zones les plus à risque.[-]