L'épandage des boues d'épuration, en vue d'une valorisation agricole, pose un problème sanitaire : si les boues contiennent des éléments fertilisants, elles concentrent aussi des organismes pathogènes, comme listeria, qui peut contaminer l'environnement, les animaux ou l'homme. Cependant, le risque microbiologique est faible dans certaines conditions : traitements hygiénisants, comme le chaulage fort, bonnes pratiques d'épandage et épandage de préférence sur des terres cultivées plutôt que pâturées.