La méthanisation, lors du traitement des effluents organiques, réduit leur nuisance olfactive et leur charge organique tout en produisant un combustible propre et renouvelable et un amendement de bonne qualité. Le but de cette étude est de savoir si la méthanisation résout aussi le problème des germes pathogènes présents dans ces effluents organiques. Une première partie présente le principe de la méthanisation et différents procédés existants. Une seconde rassemble différents agents pathogènes existants dans les effluents organiques suivant leur origine. Une troisième partie expose les voies de dissémination des agents pathogènes et la notion de risque pour la santé humaine et animale. Dans une quatrième partie est présentée une synthèse des connaissances sur les relations entre germes pathogènes et méthanisation. En conclusion est effectué un bilan, d'après les connaissances existante, du devenir des germes pathogènes lors de la méthanisation, mais aussi une évaluation quantitative et qualitative de ces connaissances.