Parmi toutes les causes possibles de méningo-encéphalites à liquide clair, l'encéphalite japonaise se démarque en Asie du Sud-Est. Le virus circule de façon endémique dans cette région qui s'étend de la péninsule indochinoise à toute une partie insulaire comprenant l'Indonésie et les Philippines. Afin d'apprécier l'importance de l'encéphalite japonaise au Cambodge, une collaboration a été initiée en octobre 1999, entre l'hôpital provincial de Takeo et les unités de virologie et de biologie médicale de l'Institut Pasteur du Cambodge (IPC). L'enquête a pour but de connaître l'étiologie des méningo-encéphalites virales aiguës observées chez des patients hospitalisés, adultes et enfants. Cette thèse, rédigée suite à un stage de 6 mois au sein de l'unité de virologie de l'institut Pasteur du Cambodge, correspond à la présentation de ce programme de recherche d'étiologie virale et par conséquent des méthodes de diagnostic virologique utilisées. Elle rassemble également les premiers résultats de cette étude, de sa mise en place en octobre 1999 à avril 2000. Suite à une évaluation courant 2000, sa durée fut fixée à un an et le programme prit fin le 30 septembre 2000. Les résultats obtenus montrent l'importance des arbovirus et plus particulièrement du virus JEV comme cause de méningo-encéphalite chez l'enfant. Parmi les adultes, les causes identifiées, principalement bactériennes et fongiques, concernent en majorité les patients HIV séropositifs.