Mycobacterium paratuberculosis est un bacille acido-alcoolo-résistant appartenant au genre Mycobacterium qui est très résistant dans le milieu extérieur. Potentiellement présent dans le lait des vaches infectées, il résisterait à la pasteurisation. Il provoque la paratuberculose des ruminants, affection intestinale chronique, incurable, répandue mondialement et à l'origine de pertes économiques considérables. Son rôle dans la maladie de Crohn reste hypothétique, les résultats des études menées à ce sujet étant contradictoires.