Les effets secondaires et les incompatibilités des antibactériens en médecine vétérinaire des carnivores domestiques sont nombreux et variés. Afin de mieux les connaître, un réseau de pharmacovigilance s'est mis en place en France par l'intermédiaire de deux centres (Lyon et Nantes) qui vont surveiller, enregistrer et répertorier les différents cas transmis par les vétérinaires avec information de la Commission Nationale de Pharmacovigilance Vétérinaire et de la direction générale de l'AFSSA (janvier 2002). Différents facteurs prédisposants existent chez le chien et le chat (facteurs physiologiques, pharmacologiques et pathologiques). Les effets indésirables relèvent de différents mécanismes : toxicité directe d'organes (néphrotoxicité, hépatotoxicité, ...), réactions d'hypersensibilité (principalement cutanées), perturbations microbiologiques et, plus secondairement, effets sur les analyses de laboratoire. Les mécanismes faisant appel à une sensibilité individuelle particulière (idiosyncrasie) sont parmi les moins bien compris. Enfin, les incompatibilités des antibactériens avec d'autres médicaments peuvent survenir, non seulement hors de l'organisme (incompatibilités pharmaceutiques), mais aussi au cours des différentes étapes marquant leur devenir dans l'organisme (incompatibilités pharmacocinétiques) ainsi que lors de leur action sur les organes cibles (incompatibilités pharmacologiques). Des tableaux récapitulatifs permettent de guider les vétérinaires dans la mise en place d'une thérapeutique antibactérienne raisonnée.