Les aeromonas sont des bactéries ubiquistes ayant une prédilection pour le milieu aquatique, surtout continental. On les retrouve dans la colonne d'eau, les sédiments, la flore digestive des animaux. Leurs caractéristiques écologiques en font des indicateurs de pollution susceptibles d'être très pertinents pour contrôler la qualité de l'eau, particulièrement en aval des piscicultures. Leur utilisation pourrait également constituer un outil de taille pour étudier l'évolution des résistances bactériennes.