Le cheval Comtois, première race de trait en France, est menacé actuellement par le phénomène de la consanguinité. Une meilleure connaissance des lignées de reproducteurs et des méthodes d'élevage, ainsi qu'un recours au croisement ponctuel, permettraient à terme, de maîtriser cette déviance génétique et ses conséquences néfastes : augmentation des troubles de santé, baisse du taux de fertilité.