A. phagocytophilum est une bactérie intracellulaire obligatoire vectorisée par les tiques du genre Ixodes. Elle est l’agent de l’anaplasmose granulocytaire humaine ainsi que de la fièvre des pâtures chez les ruminants. Notre étude a visé dans un premier temps à décrire la dynamique de l’infection naturelle en élevage bovin, pour laquelle une seule étude avait été publiée à ce jour ; elle s’est ensuite attachée à détecter puis caractériser les variants bactériens présents chez les ruminants sauvages et domestiques en France. Une analyse sérologique par immunofluorescence indirecte a été conduite sur la saison de pâture 2007 pour un troupeau de bovins laitiers. 120 échantillons de rates d’isard et le sang de 23 bovins et 10 ovins ont été soumis à plusieurs PCR sur le locus de l’ARNr 16 et sur les gènes msp4, groEL, et gltA. Les séquences obtenues ont été alignées avec les séquences disponibles sur GenBank. 19 bovins laitiers sur 20 étaient séropositifs, avec une réponse sérologique individuelle variable. Un petit nombre d’entre eux était positif en PCR. Des séquences d’Anaplasmataceae ont été obtenues chez un isard. Les séquences partielles de msp4 et groEL issues des ovins et des bovins français étaient, en grande majorité, nouvelles mais proches des séquences des variants européens issus d’hôtes mammifères. Les résultats obtenus suggèrent une exposition variable à A. phagocytophilum au sein d’un même troupeau, en conditions naturelles. L’analyse phylogénétique n’a pas montré de divergence majeure entre les variants des ruminants français et les variants européens pathogènes pour l’homme. C’est la première fois qu’une bactérie du genre Anaplasma est détectée chez l’isard.