La flore fécale du chimpanzé sauvage est un écosystème très complexe dont la description exhaustive recourt à la biologie moléculaire. L'utilisation du séquençage et de l'analyse phylogénétique de l'ADN ribosomal 16S a permis d'étudier cette flore et de la comparer à la flore fécale d'autres organismes. D'autre part, le régime alimentaire particulier du chimpanzé sauvage, constitué essentiellement de fruits et de feuilles, mais ponctué d'épisodes à dominante carnivore, a conduit à étudier les variations de la flore fécale en fonction de ces apports alimentaires.