Dix groupes microbiens ont été dénombrés à deux reprises dans la litière, le lait de tank et sur la peau des trayons dans douze élevages Franc-Comtois enquêtés sur leurs pratiques. Le logement, la litière et son entretien influencent les niveaux de flores de la litière et de la peau des trayons. Leur incidence sur la flore du lait est modulée par les pratiques de traite