La chytridiomycose est la maladie infectieuse panzootique provoquée par le chytridiomycète, Batrachochytrium dendrobatidis. Le premier foyer européen a été découvert en 2001 en Espagne, provoquant d'importantes diminutions d'effectif des populations de crapaud accoucheur Alytes obstetricans. Depuis peu, cette espèce connaît des épisodes de mortalité massive dans les Pyrénées. Nous nous sommes intéressés à l'impact génétique de cette maladie sur les populations d'A. obstetricans dans les Pyrénées. Ceci a été réalisé dans un cadre théorique en utilisant le logiciel SPLATCHE2. Nous avons évalué différents scénarios d'infection en modulant le nombre de sites infectés. Une diminution marquée des indices de diversité génétique a été observée (jusqu'à 0% pour le nombre d'allèles et 15% pour l'hétérozygotie attendue, dans le scénario d'infection totale), ainsi qu'une augmentation notable de la différenciation génétique, avec des valeurs de FST global augmentant de 33%. Ces résultats sont corroborés par des analyses hiérarchiques réalisées avec STRUCTURE, indiquant une structuration génétique nette. Les programmes de conservation pourront donc prendre en compte la perte de diversité génétique afin de prioritiser des actions de réintroduction ou de mitigation aux sites les plus sensibles.