Ce travail de thèse se propose de passer en revue les différents protocoles d'immunosuppression actuellement utilisés en médecine vétérinaire chez le chien et chez le chat. Les molécules immunosuppressives des spécialités disponibles en médecine vétérinaire sont tout d'abord présentées, puis les protocoles immunosuppresseurs testés sont détaillés pour chaque maladie auto-immune. La dernière partie est consacrée à l'immunosuppression dans le cadre des greffes rénales et de la recherche sur la thérapie cellulaire grâce au modèle canin de la dystrophie musculaire de Duchenne.