L'étude archéozoologique réalisée par les vétérinaires Guillaume Rousseau, Florence Mellet et Nicolas Emériau lors de leurs missions en Turquie concerne 5149 vestiges fauniques (os, dents, coquillages) des chantiers 4, 5, 6, 9, 10, 12 et 20 de Zeugma, et des chantiers 1 à 8 et de la nécropole d'Apamée. L'analyse de ces résultats permet d'atteindre 3606 restes déterminés de la triade des espèces d'embouche (Bovidés, Suidés et Caprinés). Des ossements de Camélidés, d'Équidés, de Canidés, d'Oiseaux, de Lagomorphes et de Tortues ont également été retrouvés. L'analyse de la répartition de ces différentes espèces au cours des périodes historiques, du IIIème siècle avant J.-C.au Xème siècle, renseigne sur les habitudes dans l'alimentation carnée de ces populations, sur la gestion des troupeaux et sur les techniques d'abattage. Les Caprinés et les Bovidés étaient au premier rang des espèces d'embouche durant la période Hellénistique. Les périodes Romaine et Proto-Byzantine ont vu s'installer la domination des Suidés dans l'alimentation carnée. Durant la période Byzantine, le rapport s'inversera pour voir les Bovidés devenir la principale espèce d'embouche suivie des caprinés. L'élevage des Suidés ne visait que la production de viande alors que les élevages de Bovidés et de Suidés étaient à caractère mixte entre le lait et le viande, voire la laine pour les Caprinés.