Anaplasma phagocytophilum est une bactérie zoonotique intracellulaire GRAM négative vectorisée notamment par les tiques du genre Ixodes. Elle est l’agent de l’anaplasmose granulocytaire bovine (également appelée fièvre des pâtures, ehrlichiose à Anaplasma phagocytophilum ou maladie des gros paturons) et infecte également un grand nombre de mammifères. La présente étude a pour objectif de décrire la dynamique d’une infection naturelle à A. phagocytophilum au sein d’un élevage bovin et d’analyser la diversité génétique parmi les bactéries détectées. Pour cela, 169 prélèvements sanguins ont été effectués entre 2014 et 2017 au sein d’un élevage bovin allaitant atteint par l’anaplasmose granulocytaire depuis 2008 ainsi que dans un élevage voisin de celui-ci. Une qPCR ciblant le gène msp2 a été menée sur l’ensemble des prélèvements afin d’y détecter la présence d’A. phagocytophilum. Puis, sur les échantillons positifs à cette qPCR, un typage génétique de la bactérie par MLST a été effectué et des arbres phylogénétiques des souches typées ont été réalisés. Ceci a permis de mettre en évidence la circulation de nombreux variants génétiques de la bactérie au sein d’un même élevage et l’existence de co-infections par différents variants à un taux beaucoup plus élevé que ce qui avait été décrit jusqu’alors chez les bovins. Cette étude a de plus mis en évidence que l’immunité développée contre A. phagocytophilum par les bovins au cours d’une saison de pâture ne semble pas suffisante pour les protéger d’une infection ultérieure notamment par un autre variant génétique. Pour finir les résultats de la présente étude suggèrent que les bovins pourraient jouer un rôle de réservoir pour leur propre cycle épidémiologique d’infection à A. phagocytophilum.