Une enquête épidémiologique portant sur la pisciculture d’étang en Pays de la Loire a été conduite en 2017 (projet AeroFish). Au cours de cette enquête, des prélèvements bactériologiques ont été réalisés. Ce travail s’inscrit dans sa continuité, il répond à une volonté d’identification du genre et de l’espèce des Aeromonas présents dans l’environnement aquatique et a consisté à élaborer un protocole d’identification des bactéries du genre Aeromonas. Une recherche bibliographique portant sur les caractéristiques phénotypiques et moléculaires du genre Aeromonas a été réalisée pour établir un protocole d’identification qui été testé sur 29 souches de références (genre Aeromonas et autres genres utilisés comme témoins négatifs) pour validation, avant d’être utilisé sur des isolats de terrain (AeroFish). Sur les 141 isolats de terrain testés, huit ont été identifiés non Aeromonas et un isolat reste douteux. Une PCR multiplex a été réalisée pour identifier les espèces mais les résultats se sont avérés peu concluants. Finalement seules les souches d’Aeromonas salmonicida ont été identifiées par le biais de deux PCRs monogéniques. Une partie des isolats a été identifiée par VITEK®2 et MALDI-TOF afin d’estimer l’apport de ces deux techniques. L’antibiorésistance a été étudiée sur ces mêmes isolats par détermination des concentrations minimales inhibitrices vis-à-vis de six antibiotiques. En conclusion, ce protocole, validé sur les souches de référence et utilisé sur les isolats de terrain, a permis d’exclure les isolats non Aeromonas. Les protocoles d’isolement et d’identification ont été améliorés mais restent à être complétés pour permettre une identification à l’espèce.

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