Les entéropathies chroniques constituent une cause majeure de diarrhées chroniques chez le chien. Leur gestion thérapeutique peut toutefois s’avérer difficile avec des réponses thérapeutiques différentes selon les individus. La majorité répond à un traitement diététique, d’autres à un traitement antibiothérapique et enfin certains à un traitement immunomodulateur. La transplantation de microbiote fécal pourrait être une option thérapeutique envisageable. En effet, la transplantation de microbiote fécal est utilisée en médecine humaine pour les infections récurrentes à Clostridium difficile. L’étude du microbiote intestinal et de ses relations étroites avec le métabolisme de l’hôte laisse envisager que des thérapeutiques basées sur la modulation du microbiote seraient possibles chez l’Homme. Les données reliant dysbiose intestinale et entéropathies chroniques chez le chien encouragent à explorer la possibilité d’utiliser la transplantation de microbiote fécal pour ces pathologies. Cette thèse a pour objectif de déterminer s’il est possible de dresser le profil type d’un donneur de selles idéal pour une transplantation de microbiote fécal chez un chien présentant une entéropathie chronique. Le travail expérimental mené vise à dresser un protocole permettant d’optimiser la récolte de selles dans cet objectif. Une analyse du microbiote intestinal des chiens prélevés explore également le microbiote intestinal des donneurs. Finalement le travail mené a permis de construire une coprothèque utilisable pour de futures transplantations de microbiote fécal. Le protocole mis en place a permis de mettre en évidence certains points-clefs dans la récolte de selles du donneur ainsi qu’un profil global du microbiote des chiens donneurs.