Le système nerveux autonome contrôle toutes les fonctions viscérales, émotionnelles et comportementales inconscientes, il maintient l'homéostasie. Il se divise en deux systèmes le système nerveux parasympathique et le système nerveux orthosympathique. Ce dernier se distribue dans tous les organes par l'intermédiaire de deux neurones, un neurone préganglionnaire et un neurone postganglionnaire, à partir de la moelle épinière ; les relais s'effectuent au niveau de ganglions situées soit dans sur la chaîne paravertébrale, soit dans des plexus prévertébraux. Plusieurs neurotransmetteurs sont mis en jeu lors de son fonctionnement, 11 s'agit de l'acétylcholine et de a noradrénaline (et autres catécholamines). De ces dernières découlent l'ensemble des actions du système nerveux orthosympathique : augmentation du rythme cardiaque et de la pression sanguine, mydriase, mobilisation des lipides et des glucides. Ainsi tout dysfonctionnement de ce système, chez les espèces domestiques, par excès ou par défaut, est à l'origine de nombreux troubles notamment aux niveaux cardio-vasculaire, uro-genital, digestif et oculaire.