L'organisation du système immunitaire muqueux présente de nombreuses similitudes interspécifiques. Elle dépend du type de muqueuse (type 1 ou type 2). Le MALT n'est présent que dans les muqueuses de type 1 mais on trouve des follicules lymphoïdes aussi dans les muqueuses de type 2. La réponse immunitaire muqueuse est orchestrée par les cellules dendritiques mais les cellules M jouent un rôle important dans certains sites muqueux. L'existence du système immunitaire muqueux commun permet une communication entre les sites muqueux. La principale différence d'avec la réponse immunitaire systémique est le rôle prépondérant des IgA au niveau des muqueuses. L'appareil génital de la jument est recouvert par des muqueuses de type 2 et contient tous les effecteurs de la réponse immunitaire. Outre l'importance capitale des trois barrières anatomiques, la réponse immunitaire y est dominée par une forte réponse neutrophilique et une importante production locale d'IgA et d'IgG. Ce dernier point est une particularité de la jument par rapport à d'autres mammifères. Le système immunitaire muqueux génital est soumis à l'action des hormones sexuelles et il existe des variations au cours du cycle oestral. La réponse immunitaire est globalement plus forte pendant l'oestrus. Ces particularités permettent de mieux comprendre pourquoi certaines juments sont plus susceptibles que d'autres de développer une endométrite chronique. Un défaut de clairance utérine et un déséquilibre du profil cytokinique seraient les principales causes. Le développement de nouveaux traitements et notamment de vaccins intra-nasaux induisant une réponse utérine est en cours. La connaissance des particularités de la réponse immunitaire muqueuse chez la jument pourrait permettre d'avancer dans la modulation de la réponse immunitaire par les cellules dendritiques et dans la découverte de nouvelles thérapies anticancéreuses comme c'est le cas chez l'Homme.