Le microbiote intestinal est un domaine de la recherche biomédicale actuellement en plein essor. En effet, le microbiote interviendrait à la fois dans la bonne santé de son hôte mais aussi dans la pathogénèse de nombreuses maladies. Son étude chez l’Homme permet un accès à des informations limitées que solutionnent les modèles animaux. Dans ce travail, nous nous intéresserons à l’intérêt des modèles animaux pour l’étude du microbiote intestinal sain ou dans un contexte de maladies métaboliques (obésité, diabètes). Cette thèse se compose de trois parties. Dans un premier temps, nous aborderons les généralités concernant le microbiote intestinal et ses possibles liens avec les maladies métaboliques. Puis, nous comparerons le modèle murin aux modèles Primates utilisés en recherche biomédicale, leurs avantages et leurs inconvénients respectifs pour l’étude du microbiote intestinal et des maladies métaboliques. Enfin, nous verrons les spécificités de l’utilisation du Primate en laboratoire, dans ce contexte particulier. L’objectif est de démontrer que l’utilisation du Primate pour la recherche translationnelle sur le microbiote intestinal associé aux maladies métaboliques est scientifiquement et éthiquement justifiée. Nous essaierons également de donner quelques pistes pour la conception pratique de ce type d’étude chez le Primate en laboratoire.