La vaccination des hommes est un axe majeur du domaine de la santé publique. À l’heure actuelle, la production de certains vaccins se fait à partir de matières premières d’origine animale. La réglementation qui entoure cette production est d’autant plus stricte pour les produits issus de ruminants, compte tenu du risque de transmission d’encéphalopathies spongiformes transmissibles. Afin d’assurer l’innocuité des médicaments, le haut statut sanitaire des animaux est assuré, parmi d’autres mesures, par une gestion en cheptel fermé. Dans ces petites populations au patrimoine génétique clos, les accouplements entre individus apparentés conduisent à l’élévation rapide du taux de consanguinité et, parfois, à l’apparition de malformations et de mortinatalité. L’étude de l’un de ces troupeaux ovins, fermé depuis trente ans, confirme la suspicion d’un fort taux de consanguinité. Nous avons tenté de l’évaluer à partir d’analyses démographique et généalogique. Malgré la méconnaissance de l’origine paternelle des agneaux, de premières mesures ont été mises en place : un système d’accouplements rotatifs entre groupes d’individus apparentés, associé à un renouvellement rapide des béliers. D’autres solutions à plus long terme sont envisagées pour freiner la consanguinité tout en conservant le statut sanitaire du troupeau : le maintien de ce système dit de « familles », l’introduction de matériel génétique par insémination artificielle à partir d’un cheptel ayant un haut statut sanitaire vis-à-vis de l’encéphalopathie spongiforme bovine et de la tremblante, la formation d’un nouveau troupeau fermé. Quelle que soit la solution retenue, elle doit être en accord avec un certain nombre de réglementations, en particulier celles encadrant la production de médicaments et le bien-être des animaux destinés à des fins scientifiques.