La race Mérinos de Rambouillet a été crée à partir deux importations de Mérinos espagnols en 17 86 et 1801. Depuis lors, elle est restée fermée à tout apport extérieur dans le site de la Bergerie Nationale de Rambouillet, et il n'existe qu'un seul troupeau de race pure d'environ 150 femelles. Malgré son coefficient de consanguinité moyen élevé, qui est évalué à 0,53 en 2007, la diversité génétique semble maintenue, comme le montrent les probabilités d'origine des gènes. Mais ces résultats sont dépendants de la qualité de l'information généalogique, qui n'est pas toujours exhaustive. L'étude du polymorphisme à 21 marqueurs microsatellites donne une hétérozygotie moyenne de 50,8%, ce qui est en faveur d'une certaine variabilité génétique. Ceci est du à la gestion de consanguinité adaptée du troupeau: les accouplements entre proches parents ont toujours été évités, et l'utilisation des béliers est pensée de telle sorte à limiter la contribution de chacun d'eux. On utilise environ un bélier pour neuf femelles, et la durée d'utilisation moyenne des mâles est de 1,8 an. Aujourd'hui, la mise en place d'une nouvelle méthode de gestion par l'INRA (Institut National de la Recherche Agronomique) permettra de sécuriser la conservation du patrimoine génétique de la race. En 2003 et 2004, la sélection sur la résistance génétique à la tremblante a été appliquée avec succès, tous les reproducteurs étant maintenant porteurs de l'allèle de résistance ARR, et l'allèle de sensibilité VRQ a été éliminé. L'étude de paramètres de reproduction et de variabilité génétique pendant la sélection ne révèle pas d'altération du niveau ou de la variabilité génétiques.