Les maladies de l’appareil digestif sont très importantes chez les caprins tant au point de vue clinique que pour leurs conséquences économiques. On retrouve parmi ces pathologies majeures des maladies infectieuses (bactériennes, virales, parasitaires), métaboliques mais aussi des maladies à étiologies multiples. Les maladies bactériennes sont essentiellement la paratuberculose, la salmonellose (importance zoonotique), l’entérotoxémie et la yersiniose. Elles sont retrouvées dans le monde entier et peuvent provoquer des formes cliniques plus ou moins graves. Les principales pathologies virales rencontrées sont la peste des petits ruminants, la peste bovine, la fièvre catarrhale ovine et le Nairobi Sheep Disease. Ce sont essentiellement des pathologies rencontrées en climat tropical, chaud malgré l’apparition récemment de la FCO dans la partie nord du continent européen. Les maladies parasitaires sont les plus répandues aussi bien chez les adultes et les jeunes. Les symptômes sont assez peu spécifiques et peu graves mais les conséquences économiques sont souvent très importantes (pertes au niveau de la productivité, coût de la lutte). Peu de maladies métaboliques sont retrouvées chez les caprins : météorisation et acidose principalement qui sont souvent mis en cause dans des erreurs de conduite de l’élevage. Chez les chevreaux la diarrhée néonatale est une pathologie importante dont l’étiologie est multiple. Les pertes en animaux peuvent être assez importantes et atteindre 10 à 20% du cheptel.