Les entéropathies chroniques chez le chien sont caractérisées par une inflammation de l’intestin consécutive à une interaction complexe entre le microbiote intestinal et différents acteurs de l’immunité chez des individus prédisposés. Elles sont classées en fonction de la réponse thérapeutique. La majorité répond à un traitement diététique, d’autres à la mise en place d’une antibiothérapie et une plus petite portion nécessite un traitement immunosuppresseur. De fortes prédispositions raciales pour le développement de ces entéropathies chroniques existent dans l’espèce canine. Si l’on sait qu’il existe des altérations du microbiote chez les chiens atteints d’entéropathie chronique, on ne sait pas si ce microbiote intestinal joue un rôle dans le déclenchement de l’entéropathie ou s’il n’en est qu’une conséquence. Dans cette optique, l’objectif de cette thèse était de savoir si des chiens sains d’une race prédisposée (les Bergers Allemands) pouvaient avoir un microbiote intestinal particulier. Finalement, le travail expérimental mené n’a pas permis de montrer que les Bergers Allemands possédaient un microbiote intestinal différent des autres chiens, même si des particularités individuelles ont pu être constatées.