L’objectif de cette étude était d’établir un calendrier des périodes potentiellement clés de portage d’agents pathogènes dans les populations de chauves-souris suspectées d’être impliquées dans l’écologie du virus Ebola en Guinée. Dans un premier temps, une description de la phénologie des chauves-souris au cours de l’année a été effectuée en combinant les données de la littérature et celles collectées au cours de sessions de captures de ces animaux sur trois sites proches de Macenta en Guinée. Dans un second temps, la phénologie des plantes composant leur régime alimentaire au cours de l’année a été décrite en associant des données de l’herbier en ligne du MNHN et celles du suivi phénologique lors des missions de terrain. Enfin, suite à la recherche dans la littérature de facteurs de risque de portage viral chez les chauves-souris, des périodes à risque adaptées à la phénologie de chaque espèce ont pu être mises en évidence qualitativement. Ces périodes ont également été confrontées à la phénologie des plantes et à l’évolution climatique à Macenta. De manière générale, les périodes les plus à risque se situent lors de la saison sèche, soit du mois de novembre au mois d’avril. Eidolon helvum est l’espèce au sein de laquelle les périodes à risque accru sont les plus courtes. Les plantes de leur régime alimentaire, dont certaines sont aussi consommées par l’homme, sont aussi disponibles dans l’environnement lors des périodes à risque. Les périodes à risque accru de portage viral permettraient de cibler des protocoles de suivis longitudinaux afin de mettre en place une surveillance du virus Ebola et d’autres agents pathogènes portés par les chauvessouris en Guinée où les ressources financières et humaines sont limitées.