La reproduction des oiseaux exotiques détenus par les parcs zoologiques fait souvent intervenir l'incubation artificielle. Les embryons d'oiseaux mourant pendant l'incubation sont trop peu souvent autopsiés dans des conditions permettant un diagnostic de mortalité. Cette étude a pour but d'établir un protocole d'autopsie exhaustif, comprenant des prélèvements histologiques et bactériologiques, réalisables par les vétérinaires, au sein même des parcs zoologiques. Un protocole a donc été établi et appliqué par différents parcs durant la période de ponte 2009. Il a permis de diagnostiquer la cause de la mortalité de certains oeufs, grâce notamment aux prélèvements bactériologiques qui, s'ils sont réalisés selon la technique décrite précisément, sont réalisables par tout vétérinaire. Les autopsies ont également mis en évidence la forte prévalence des malpositions foetales en fin d'incubation. Ce problème a engendré une deuxième étude ayant pour but de diagnostiquer les malpositions foetales ante mortem, par des techniques d'imagerie médicale, de façon à les réduire et à éviter la mort de l'embryon. La radiographie permet, avec un peu d'entraînement, un diagnostic certain des malpositions foetales et permet une intervention précise en fonction de la position de l'embryon. Le scanner présente également des intérêts de diagnostic de malposition et de diagnostic précoce de viabilité des certains type d'embryons.