La paratuberculose caprine est une infection chronique dont les symptômes non spécifiques et tardifs rendent difficile le diagnostic en l’absence de test de référence. La lutte contre la paratuberculose caprine peut être soutenue par la vaccination avec le vaccin Gudair® qui semble limiter l’expression clinique de la maladie. Cette étude avait pour objectifs d’évaluer l’effet de la vaccination, l’effet de la classe d’âge ainsi que l’influence des pratiques d’élevage sur l’excrétion fécale de Map dans des troupeaux caprins vaccinés depuis au moins cinq ans. Elle visait également à étudier l’intérêt des prélèvements de fèces de parcs pour l’évaluation de l’excrétion d’un élevage. Pour cela, des analyses qPCR sur 120 mélanges de 5 fèces représentant 600 chèvres issues de 12 élevages (6 élevages vaccinés et 6 non vaccinés) et sur des fèces de parcs de chèvres primipares de 9 élevages parmi les 12 de l’étude ont été réalisées. La vaccination n’empêche pas l’excrétion fécale de Map mais les élevages vaccinés présentent une excrétion inférieure à celle des élevages non vaccinés (24 mélanges positifs sur 60 pour les élevages vaccinés, 45 sur 60 pour les non vaccinés). Cette différence d’excrétion est marquée pour les chèvres primipares vaccinées et non vaccinées (1 mélange positif sur 12 pour les chèvres vaccinées, 9 sur 12 pour les non vaccinées). L’excrétion de Map semble être influencée par l’association de la vaccination et des pratiques d’élevage. Le prélèvement de parc des chèvres primipares d’un élevage ne semble pas être un prélèvement adapté pour évaluer l’excrétion fécale de Map de l’élevage. La poursuite de la vaccination dans les élevages vaccinés apparaît nécessaire.