Les MICI chez le chien sont une catégorie de maladie dont le diagnostic est long et fastidieux pour les vétérinaires. Il repose d’abord sur l’exclusion de toutes les causes de troubles gastro-intestinaux. Vient ensuite différents essais thérapeutiques visant à éliminer les autres causes d’entéropathies chroniques, celles répondant au changement alimentaire et celles répondant au traitement antibiotique. De plus, la réalisation d’une endoscopie digestive avec biopsies de muqueuse intestinale sont nécessaires pour poser le diagnostic de certitude. Après ce challenge diagnostique, vient la mise en place de la thérapeutique. Malheureusement les MICI répondent soit à des traitements immunomodulateurs ou immunosuppresseurs, provoquant un certain nombre d’effets secondaires, soit sont réfractaires à tous les traitements. C’est dans l’optique de trouver un traitement efficace et sans danger, à long terme, que s’inscrit cette thèse. Ce travail expérimental a été effectué sur 8 chiens. Il a pu mettre en évidence une réelle efficacité de cette méthode, tous en prouvant sa sécurité. L’essai clinique dans lequel s’articule cette thèse doit être continué, afin d’agrandir la cohorte de patients par de nouveaux recrutements au sein du service de médecine interne d’ONIRIS, et de permettre une analyse statistique quant à l’efficacité et la sécurité de la transplantation de microbiote fécal pour traiter les MICI chez le chien.