Le barcoding est un outil récent développé à des fins d'identification d'organismes à partir de séquences d'ADN courtes situées sur des gènes communs à un groupe d'organismes et dont les fines différences permettent de distinguer les espèces. Cet outil a peu été utilisé dans le cadre d'études d'interfaces entre faune domestique et faune sauvage. Pourtant il est indispensable d'identifier les espèces en jeu au niveau de ces interfaces afin de mieux comprendre les contacts possibles. Ainsi, dans cette thèse nous proposons d'utiliser cette technique et mettant en place un protocole adapté de techniques déjà décrites. Une étude préliminaire est donc menée afin de faire le point sur les connaissances en forte évolution et d'adapter l'outil à l'étude et à ses spécificités. La mise à l'épreuve de différents kits d'extraction, de méthodes de traitement de l'échantillon de départ, et de différentes paires d'amorces ont pu permettre d'optimiser les méthodes en usant du matériel et des technologies disponibles. Nous avons pu mettre en place une méthode systématisée basée sur une concentration de l'ADN par filtration puis une extraction par un kit d'extraction commercial générique suivi d'une amplification par PCR quantitative à l'aide d'amorces spécifiques (Aves 02) et finalement d'un séquençage par méthode Sanger. Les séquences obtenues, confrontées à la base de données Genbank©, conduisent à l'identification des espèces présentes dans l'échantillon. Ce protocole de metabarcoding vise à terme la détection et la caractérisation d'espèces d'oiseaux sauvages évoluant en contact direct d'élevages avicoles par l'exploitation de prélèvements environnementaux.   Barcoding is a recent tool implemented to identify organisms using short DNA sequences belonging to shared genes by a group of organisms and which present tiny differences allowing to discriminate species. The tool has little been used in the study of the interfaces between wild avifauna and domestic animals. Therefore, it is important to identify the species at stake to understand the possible interactions between them. In this thesis, we propose to use barcoding ty implementing a protocol, inspired by these already described in the literature. A preliminary study is conducted to take stock on the knowledge of an evolving discipline and adapt the tool to the study with its specificities. The test of various extraction kits, processing methods of initial samples, and several primers allowed to optimize the protocol using technologies and equipment available. We implemented a method based on DNA concentration, filtration and extraction by a generic extraction kit followed by a quantitative PCR using specific primers (Aves 02) and a final sequencing by Sanger method. The sequences compared with Genbank© data base led to the identification of the species present in the samples. This protocol aims to detect and characterize wild birds species evolving at direct contact of poultry farming by the use of environmental samples[-]