L'infection urinaire est une affection fréquente des carnivores domestiques puisqu'elle concerne environ 14 % des chiens et 1 à 2 % des chats au cours de leur vie. Son diagnostic implique la réalisation d'une uroculture. Cependant, la faible proportion d'urocultures positives obtenue chez des animaux symptomatiques nous laisse supposer l'existence de faux négatifs. La culture trouve ses limites lorsqu'une antibiothérapie est mise en place préalablement à la récolte de l'échantillon, ou lorsque le germe responsable de l'infection est difficile à cultiver. La PCR ARN 16S est une méthode d'identification moléculaire qui palie à ces défauts. Après avoir mis au point une technique de PCR ARN 16S sur les urines, nous avons comparé les résultats de ce protocole à ceux de l'uroculture pour 54 échantillons d'urines de chats et de chiens prélevés par cystocentèse. Nous avons calculé une sensibilité de 89 %, une spécificité de 96 %, une valeur prédictive positive de 96 % et une valeur prédictive négative de 89 %. Nous n'avons pas constaté une meilleure sensibilité de la PCR ARN 16S par rapport à l'uroculture lorsqu'une antibiothérapie est instaurée en amont du prélèvement, lorsque le délai de traitement des échantillons d'urine et leur température de conservation ne sont pas optimales, ou pour la recherche de germes dont la culture est difficile. Cependant, il serait intéressant de poursuivre cette étude sur un plus grand nombre d'échantillons pour confirmer ces observations. Nous avons étendu notre étude à des échantillons de bile et obtenu une excellente concordance des résultats entre la culture et la PCR ARN 16S. L'utilisation de la PCR ARN 16S pourrait donc concerner d'autres prélèvements biologiques dont la contamination est monomicrobienne comme du liquide articulaire ou du liquide céphalo-rachidien par exemple. Pour l'instant, l'emploi de la PCR ARN 16S est réservé aux organismes à croissance difficile ou lors d'antibiothérapie préalable au prélèvement mais la mise sur le marché de kits d'extraction rapide, l'enrichissement des bases de données et le développement de logiciels d'analyses de séquences performants vont améliorer sa compétitivité tant sur le plan économique que sur la rapidité d'obtention des résultats. Dans les années à venir, le séquençage nouvelle génération et les puces à ADN seront les outils de mise en place de cette méthode d'identification moléculaire en routine au sein des laboratoires de microbiologie.[-]