Cette thèse présente une réflexion sur les cycles épidémiologiques d'Anaplasma phagocytophilum et les rôles joués par mammifères français de grand et moyen gabarit. Elle propose d'abord un état des lieux des connaissances sur cette bactérie, ses vecteurs, ses hôtes vertébrés connus au sein de la faune sauvage, plus particulièrement en Europe, et les méthodes de détection actuelles. La question des animaux réservoirs de souches zoonotiques et/ou pathogènes pour différentes espèces d'animaux domestiques, notamment les ruminants domestiques, se pose avec acuité. Les résultats d'une étude expérimentale menée au sein du groupe VAMP à l'UMR BIPAR sur 272 échantillons issus de différentes espèces (renard, chevreuil, sanglier, lapin, lièvre, fouine et taupe), pour détecter leur infection par A. phagocytophilum, sont présentés. Tous les échantillons présentant une valeur de Ct interprétée comme douteuse lors d'une PCR en temps réel ciblant le gène msp2 ont été testés par PCR nichée ciblant le gène codant pour l'ARNr 16S. Deux échantillons ont donné un résultat positif en qCR et 23 autres en PCR nichée. Les résultats provisoires de notre étude montrent la présence de l'infection chez l'ensemble des espèces testées à l'exception des taupes (mais un seul animal avait été testé), ce qui va dans le sens d'une large gamme d'hôtes animaux. Cependant, les biais de recrutement ne nous permettent pas de déterminer le pourcentage d'infection chez ces espèces de moyens et grands mammifères au-delà des échantillons eux-mêmes ni de spéculer sur leur rôle dans le cycle. Des études supplémentaires seront nécessaires pour affiner la compréhension des cycles épidémiologiques d'A. phagocytophilum et du rôle joué par ces différentes espèces dans les cycles Le typage des échantillons testés positifs reste à réaliser, ainsi que leur séquençage si la qualité et la quantité d'ADN bactérien le rendent possible. Ils pourront permettre, sur la base des séquences déjà disponibles, de mieux cerner l'implication ou non des sangliers, renards, chevreuils etc. dans les cycles de variants zoonotiques et dans ceux dont les ruminants domestiques constituent les espèces cibles.[-]