L'analyse des risques est une méthode relativement récente. Appliquée depuis peu au domaine alimentaire, elle est destinée à maîtriser la sécurité des aliments. Cette théorie se décompose en trois étapes fondamentales: l'évaluation des risques, la gestion des risques et la communication relative aux risques. Ces trois étapes sont elles mêmes subdivisées en plusieurs étapes. Les outils actuellement disponibles pour le scientifique chargé de l'évaluation des risques alimentaires microbiens ou pour le politique chargé de leur gestion sont très nombreux et en évolution perpétuelle. Un exemple d'analyse du risque Salmonella Enteritidis dans la filière ponte illustre la théorie d'analyse des risques et la diversité des outils présentés.