Les récentes crises sanitaires, telle la crise dite de la vache folle, ont provoqué de profonds bouleversements au sein des institutions chargées de la sécurité sanitaire des aliments en France et dans les autres pays européens. Entre le modèle de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments, qui rend des avis scientifiques indépendants sans se charger de la gestion, et la Food Standards Agency britannique, qui assure à la fois la gestion et l'évaluation du risque, les Etats membres ont reconsidéré leurs systèmes de sécurité sanitaire des aliments, afin d'assurer une séparation stricte entre l'évaluation et la gestion du risque. De nombreuses instances nationales chargées de l'évaluation du risque coexistent aujourd'hui en Europe et la création, en 2002, d'une Autorité européenne de sécurité des aliments a posé la question de la coopération entre toutes ces instances. Le travail présenté ici se propose d'analyser les raisons pour lesquelles des réformes institutionnelles ont été engagées sur la base de la description des crises sanitaires des années quatre-vingt dix. Un état des lieux des instances mises en place en Europe permettra de dégager les caractéristiques essentielles de l'expertise scientifique européenne. Enfin, des exemples récents témoignent de la nécessité d'assurer une bonne coopération entre les instances d'évaluation afin d'éviter les avis divergents. Cette mission de coordination, que le législateur européen a confié à l'Autorité européenne, est encore en cours de mise en place mais des pistes de réflexions peuvent être avancées.