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V
Ce travail propose une analyse approfondie du cycle épidémiologique d'Anaplasma phagocytophilum chez les rongeurs et les musaraignes. Après une brève présentation de ces espèces, sont relevés, d'une part, les pourcentages d'infection des rongeurs et musaraignes par A. phagocytophilum et d'autre part, l'avis des auteurs sur la possibilité que des rongeurs ou des musaraignes soient réservoirs de souches humaines d'A. phagocytophilum. Puis une étude expérimentale est menée sur la détection de la bactérie chez des rongeurs et musaraignes en France. Dans un premier temps, les principaux protocoles de détection d'Anaplasma phagocytophilum en Europe sont répertoriés et les résultats obtenus sont comparés entre eux. Dans un second temps, après extraction d'ADN à partir de rongeurs et musaraignes, une recherche de la présence de l'ADN bactérien a été faite par qPCR msp2. Une PCR nichée ciblant une portion du gène ARNr 16S a ensuite été réalisée sur les échantillons ayant présenté des résultats douteux. Tous les échantillons testés se sont avérés négatifs. La présence de l'ADN d'A. phagocytophilum n'a donc pas été détectée dans les prélèvements étudiés. La discussion a principalement porté sur les protocoles et seuils de positivité utilisés. S'il est possible de d'affirmer que dans la majorité des pays européens, les rongeurs déjà considérés comme réservoirs d'A. phagocytophilum sont infectés par de souches non pathogènes pour l'être humain, il reste encore des investigations à mener, notamment sur la notion de réservoir d'un agent pathogène pour une espèce et concernant les musaraignes. Le cycle épidémiologique d'A. phagocytophilum chez les rongeurs et les musaraignes semble faire intervenir Ixodes trianguliceps comme vecteur d'A. phagocytophilum en Europe. Ixodes ricinus pourrait éventuellement permettre la transmission de souches, pathogènes pour des animaux (comme AY176591) ou bien zoonotiques (comme AF093788), d'A. phagocytophilum de ces petits mammifères à d'autres espèces de vertébrés.
[-] Ce travail propose une analyse approfondie du cycle épidémiologique d'Anaplasma phagocytophilum chez les rongeurs et les musaraignes. Après une brève présentation de ces espèces, sont relevés, d'une part, les pourcentages d'infection des rongeurs et musaraignes par A. phagocytophilum et d'autre part, l'avis des auteurs sur la possibilité que des rongeurs ou des musaraignes soient réservoirs de souches humaines d'A. phagocytophilum. Puis une ...
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L'encéphalite à tiques est une maladie humaine du système nerveux central due à un arbovirus de la famille des Flaviviridae. Il s'agit d'une maladie essentiellement vectorielle, transmissible par les tiques du genre Ixodes, pouvant également infecter l'être humain par voie alimentaire via la consommation de produits laitiers non pasteurisés provenant de ruminants infectés. Environ 10 000 à 12 000 cas de cette maladie sont déclarés chaque année dans le monde et elle est en pleine expansion en Europe et en France, notamment en raison du changement climatique. Cette maladie infectieuse émergente peut être à l'origine de lourdes séquelles altérant la qualité de vie des patients, et peut même être mortelle. Elle représente donc un enjeu majeur de santé publique en Europe. Aucun traitement étiologique n'existant aujourd'hui, la prévention constitue une approche essentielle dans la gestion du risque croissant de survenue de cas d'encéphalite à tiques en France. Elle vise essentiellement à réduire le risque de piqûre par la tique vectrice, mais se doit aussi désormais de prendre en compte le risque alimentaire pour lequel des mesures sanitaires telles que la pasteurisation du lait existent. La gestion du premier foyer humain d'origine alimentaire en France, survenu en 2020 dans l'Ain, suite à la consommation de fromage de chèvre infecté, a permis de mettre en lumière ce mode de transmission encore trop méconnu. Plus généralement, la prévention passe par la sensibilisation du grand public et des professionnels de santé vis-à-vis de cette maladie et par la vaccination dans les zones endémiques, efficace sur les deux modes de transmission. Pour anticiper au mieux les risques associés à l'encéphalite à tiques afin d'adapter leur gestion, des systèmes d'épidémio-surveillance sont mis en place à l'échelle européenne et française. Ils reposent essentiellement sur la déclaration des cas humains par les différents pays européens (surveillance événementielle) et sur la surveillance entomologique ciblée des vecteurs, grâce à une collaboration fondée sur une approche One Health impliquant les acteurs des différentes santés. La situation épidémiologique de l'encéphalite à tiques est en évolution constante, ce qui devrait conduire à une consolidation des mesures de surveillance et de lutte à l'échelle européenne. La France a par ailleurs inscrit l'encéphalite à tiques sur la liste des maladies à déclaration obligatoire en mai 2021 suite au premier foyer alimentaire de 2020, témoignant d'une prise de conscience nationale de la nécessité de renforcer la surveillance épidémiologique de cette maladie.
[-] L'encéphalite à tiques est une maladie humaine du système nerveux central due à un arbovirus de la famille des Flaviviridae. Il s'agit d'une maladie essentiellement vectorielle, transmissible par les tiques du genre Ixodes, pouvant également infecter l'être humain par voie alimentaire via la consommation de produits laitiers non pasteurisés provenant de ruminants infectés. Environ 10 000 à 12 000 cas de cette maladie sont déclarés chaque année ...
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En 2016, la « Loi Santé Animale » paraît au Journal Officiel après plusieurs années de concertation. Ce règlement européen établit une classification des maladies animales transmissibles contre lesquelles des mesures de surveillance, de lutte et de gestion doivent être entreprises. Cet acte législatif ainsi que ceux rédigés dans la continuité permettent d'homogénéiser les mesures pour les états européens sur la gestion des maladies règlementées. Le règlement est applicable dans tous les états membres. En France, depuis 2013, la classification des « Dangers Sanitaires » regroupant l'ensemble des maladies animales transmissibles était établie mais depuis le 21 avril 2021, la nouvelle loi entraîne en France des modifications, notamment pour les maladies nouvellement sur la liste, comme la fièvre Q, une maladie qui n'a jamais fait l'objet de surveillance particulière. Pour être en conformité avec le règlement, des mesures doivent donc être créées afin de répondre aux critères exigés pour chaque catégorie. La LSA donne la possibilité aux états d'ajouter des mesures de surveillance et de lutte contre certaines maladies qu'ils jugeraient nécessaires après accord de la Commission. La France a donc créé deux listes regroupant les maladies animales règlementées dites d'intérêt national. Elles permettent de faire le lien entre la réglementation européenne et l'ancienne règlementation française afin de pouvoir se mettre à jour sans avoir à abaisser complètement le niveau de règlementation français actuel.
[-] En 2016, la « Loi Santé Animale » paraît au Journal Officiel après plusieurs années de concertation. Ce règlement européen établit une classification des maladies animales transmissibles contre lesquelles des mesures de surveillance, de lutte et de gestion doivent être entreprises. Cet acte législatif ainsi que ceux rédigés dans la continuité permettent d'homogénéiser les mesures pour les états européens sur la gestion des maladies règlementées. ...
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Après un état des lieux général des connaissances et des pratiques concernant les mammites bovines à partir de la littérature internationale, la suite de cette thèse évoque les principaux résultats d'un questionnaire, diffusé en Europe auprès de vétérinaires identifiés comme « experts » sur le sujet des mammites en élevage bovin laitier. Dans un premier temps, des aspects épidémiologiques sont étudiés, puis les pratiques habituelles de diagnostic et de traitement, en lactation et au tarissement, en se concentrant sur l'antibiothérapie. Pour finir, des recommandations nationales définissant les bonnes pratiques de gestion des mammites sont abordées et une ouverture sur les axes d'amélioration de la prise en charge de cette maladie et de la mise en place du traitement sélectif au tarissement est proposée. Cette étude nous permet de dégager de grandes tendances à propos des méthodes de diagnostic et de traitement des mammites bovines en Europe, qui rendraient envisageable la rédaction de recommandations européennes dans l'avenir. Cependant elle révèle aussi des divergences d'opinion qui nous amènent à nous questionner sur l'accès des vétérinaires aux recommandations nationales sur les bonnes pratiques de gestion des mammites.
[-] Après un état des lieux général des connaissances et des pratiques concernant les mammites bovines à partir de la littérature internationale, la suite de cette thèse évoque les principaux résultats d'un questionnaire, diffusé en Europe auprès de vétérinaires identifiés comme « experts » sur le sujet des mammites en élevage bovin laitier. Dans un premier temps, des aspects épidémiologiques sont étudiés, puis les pratiques habituelles de ...
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Les mustélidés représentent la plus grande famille au sein des carnivores. Ils sont majoritairement de taille petite à modérée avec un corps allongé et de courtes extrémités. Ces animaux sont présents dans le monde entier, sauf en Australie et en Antarctique. Les quelques données disponibles sur leurs affections sont en général limitées aux infections ayant un impact sanitaire, comme la tuberculose bovine chez le blaireau européen, la rage chez plusieurs espèces ou encore la maladie de Carré, à l'origine du déclin marqué des populations de putois à pieds noirs, espèce menacée d'extinction. La maladie aléoutienne et plus récemment la Covid-19 ont fortement impacté les élevages de visons d'Amérique, et font peser une menace non évaluée sur le vison d'Europe, particulièrement menacé (LPO, 2022). Les causes traumatiques (notamment les chocs routiers) et les maladies infectieuses constituent les causes prédominantes de morbidité et de mortalité des mustélidés sauvages. Le respect strict des bonnes pratiques d'hygiène et des règles de biosécurité au sein des structures prenant en charge des mustélidés en détresse a pour but de garantir la maîtrise du risque de morsure et de transmission de zoonoses entre humains et animaux, même s'il n'existe pas de protocoles strictement adaptés à leur gestion. Tandis que certaines espèces de ce taxon s'avèrent prolifiques et sont même considérées comme nuisibles ou potentiellement nuisibles en raison des dégâts qu'on leur impute ou de leur rôle putatif de réservoirs de certains agents pathogènes, d'autres voient leurs populations décroître voire se trouver en danger critique d'extinction, à l'instar du vison d'Europe. Il est donc essentiel d'intégrer les mustélidés dans le cadre de la surveillance sanitaire des animaux sauvages qui soit partie prenante de l'approche « Une seule Santé »
[-] Les mustélidés représentent la plus grande famille au sein des carnivores. Ils sont majoritairement de taille petite à modérée avec un corps allongé et de courtes extrémités. Ces animaux sont présents dans le monde entier, sauf en Australie et en Antarctique. Les quelques données disponibles sur leurs affections sont en général limitées aux infections ayant un impact sanitaire, comme la tuberculose bovine chez le blaireau européen, la rage chez ...
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Le changement climatique est indéniable et ses conséquences se font déjà ressentir en Europe, notamment concernant la répartition des arthropodes ectoparasites des carnivores domestiques. Une des résultantes est l'émergence ou la réémergence d'agents infectieux vectorisés. Ces modifications représentent un enjeu majeur de santé publique. En effet, les ectoparasites sont des organismes ectothermes, dont le métabolisme et la régulation des fonctions physiologiques dépendent de la température ambiante, et plus largement, des conditions climatiques de leur environnement. Ainsi, il est attendu que le changement climatique les impacte particulièrement. La première partie de ce travail rassemble les données bibliographiques concernant le changement climatique en Europe et son influence sur les principaux ectoparasites vecteurs des carnivores domestiques. Cette partie inclut la description des principaux ectoparasites, représentés par les tiques, les puces, les moustiques et les phlébotomes, et de leur pouvoir pathogène direct et indirect vis-à-vis des carnivores domestiques. Ces ectoparasites sont des vecteurs d'agents pathogènes responsables de maladies chez les carnivores domestiques, mais aussi parfois chez les humains. La deuxième partie de ce travail est une synthèse de la réunion d'experts organisée par le laboratoire MSD Santé Animale, dans le cadre du projet « Protect our future too », en septembre 2020. Les conclusions Le de cette réunion soulignent d'abord le risque croissant engendré par les vecteurs en raison du changement climatique, et comment les ectoparasites et les maladies vectorielles affectent les carnivores domestiques. Elles exposent ensuite des solutions afin de fournir une réponse unie face à ces menaces, mais également comment les vétérinaires peuvent prendre part de façon active à cette action.
[-] Le changement climatique est indéniable et ses conséquences se font déjà ressentir en Europe, notamment concernant la répartition des arthropodes ectoparasites des carnivores domestiques. Une des résultantes est l'émergence ou la réémergence d'agents infectieux vectorisés. Ces modifications représentent un enjeu majeur de santé publique. En effet, les ectoparasites sont des organismes ectothermes, dont le métabolisme et la régulation des ...
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Ce travail propose une étude bibliographique sur la pathologie, la gestion en captivité et le contexte de conservation des différentes espèces de babouins : Papio papio, Papio hamadryas, Papio ursinus, Papio anubis, Papio cynocephalus, Papio kindae, ainsi que leurs hybrides. Les informations récoltées dans cette partie seront utilisées dans le cadre de l'élaboration d'un guide de bonnes pratiques vétérinaires pour l'élevage de ces espèces en collaboration avec le coordinateur du programme d'élevage européen, ce guide étant actuellement en cours de rédaction. Dans une deuxième partie, une enquête a été menée auprès des 65 parcs concernés par l'EEP Guinea baboon, portant sur leurs pratiques vétérinaires, les moyens de prévention, de diagnostic et de gestion des différentes affections pathologiques rencontrées, les techniques d'anesthésie et de contention, la gestion de l'alimentation. Les informations ainsi obtenues, complétées par des rapports d'autopsie et fiches d'alimentation ont été analysées et comparées aux données de la littérature scientifique, dans le but de produire un document de synthèse pertinent dans le cadre des Husbandry guidelines. Une prédominance des troubles digestifs, notamment d'origine parasitaires a pu être mise en évidence, suivie par les affections néonatales en lien notamment avec des problèmes comportementaux, devant les fractures et morsures associées aux agressions. L'épilepsie, dont la gestion est difficile, est également souvent décrite, en particulier au Parc Zoologique de Paris. Cette dernière affection est peu étudiée chez les babouins captifs, et pourrait faire l'objet d'une étude ultérieure afin d'en améliorer la prise en charge.
[-] Ce travail propose une étude bibliographique sur la pathologie, la gestion en captivité et le contexte de conservation des différentes espèces de babouins : Papio papio, Papio hamadryas, Papio ursinus, Papio anubis, Papio cynocephalus, Papio kindae, ainsi que leurs hybrides. Les informations récoltées dans cette partie seront utilisées dans le cadre de l'élaboration d'un guide de bonnes pratiques vétérinaires pour l'élevage de ces espèces en ...
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Le ara de Buffon (Ara ambiguus) fait partie des espèces de Psittacidés les plus menacées au monde à cause de la déforestation, la chasse et le commerce illégal. C'est pourquoi les parcs zoologiques européens s'impliquent dans sa conservation en maintenant une population captive qui se veut être la plus stable possible d'un point de vue démographique et génétique, dans l'objectif ultime de pouvoir réintroduire des individus captifs dans le milieu naturel en Amérique Latine. L'analyse de cette population a mis en évidence un effectif de 101 individus répartis dans 32 institutions zoologiques. Celle-ci est relativement jeune et en croissance, malgré un faible taux de reproduction annuel, majoritairement imputable à un appariement imparfait entre les couples et un faible nombre de parcs zoologiques intéressés dans la reproduction de cette espèce. La diversité génétique de la population est supérieure aux 90% fixés comme objectif par le programme d'élevage européen (EEP) mais il pourrait être bénéfique d'apporter de nouveaux individus au sein du programme. Cette analyse a permis de servir de préambule à l'écriture d'un guide de bonnes pratiques d'élevage, couplée à l'étude d'un questionnaire adressé aux zoos européens présentant des aras de Buffon. On retiendra de cette dernière une maîtrise globale des conditions de vie offertes aux aras, malgré l'existence de plusieurs pistes d'amélioration tels que l'arrêt des enclos ouverts ou l'agrandissement de certaines installations. Enfin, un travail sur le bien-être animal, basé sur l'étude des comportements des oiseaux, est nécessaire pour tenter d'améliorer l'élevage des Psittacidés.
[-] Le ara de Buffon (Ara ambiguus) fait partie des espèces de Psittacidés les plus menacées au monde à cause de la déforestation, la chasse et le commerce illégal. C'est pourquoi les parcs zoologiques européens s'impliquent dans sa conservation en maintenant une population captive qui se veut être la plus stable possible d'un point de vue démographique et génétique, dans l'objectif ultime de pouvoir réintroduire des individus captifs dans le milieu ...
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Le Coendou prehensilis est un porc-épic arboricole nocturne vivant dans les forêts tropicales d'Amérique du Sud et centrale dont la population captive est en voie de développement au sein de parcs zoologiques membres de l'EAZA (Association Européenne des Zoos et Aquariums). Une étude épidémiologique rétrospective auprès de seize parcs a permis l'élaboration d'un descriptif complet des conditions de vie actuelles en captivité et des pathologies observées entre 2016 et 2021. Il a été montré que certains paramètres zootechniques, comportementaux, physiologiques et alimentaires favorisent l'apparition de maladies et influent sur la survie. Les résultats obtenus montrent de grandes disparités entre les parcs et ont permis de prodiguer des conseils en matière d'élevage tout en conservant un esprit critique sur la fiabilité des résultats par manque de cas étudiés.
[-] Le Coendou prehensilis est un porc-épic arboricole nocturne vivant dans les forêts tropicales d'Amérique du Sud et centrale dont la population captive est en voie de développement au sein de parcs zoologiques membres de l'EAZA (Association Européenne des Zoos et Aquariums). Une étude épidémiologique rétrospective auprès de seize parcs a permis l'élaboration d'un descriptif complet des conditions de vie actuelles en captivité et des pathologies ...
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Les oiseaux aquatiques accueillis dans les centres de faune sauvage sont la plupart du temps porteurs de parasites, dont les trématodes. L'objectif de ce travail de thèse est une synthèse de la littérature concernant ces trématodoses. Une première partie présente l'écologie des différents oiseaux aquatiques européens ainsi qu'un recensement des principales espèces admises dans les centres de sauvegarde de la faune sauvage de France. Une deuxième partie développe les caractéristiques des trématodes retrouvés chez ces oiseaux et l'épidémiologie de ces infestations, même si les particularités des 151 espèces de trématodes étudiées rendent difficile la distinction de généralités. Les trématodes sont retrouvés dans presque tous les organes des hôtes définitifs. Des préférences de sexe ou d'âge sont souvent suspectées – rarement mises en évidence – et dépendraient de différences d'alimentation ou de variations de l'immunité de l'oiseau. Prévalences et intensités diffèrent beaucoup selon les couples oiseau/trématode et varient de quelques trématodes chez un individu à plusieurs centaines chez plus de 80% des individus d'une population. Ce travail s'intéresse de plus à la pathogénicité des trématodes et offre un aperçu des différentes lésions liées à la présence de trématode, même si la majorité des études décrivent les trématodoses comme asymptomatiques. La troisième partie présente les différents outils diagnostiques disponibles du vivant de l'animal ou à l'autopsie. Cette section est illustrée par des observations directes et histologiques de trématodes obtenus lors d'autopsies d'oiseaux aquatiques réalisées au CHUV-FS (EnvA). Les protocoles thérapeutiques et prophylactiques de la littérature à mettre alors en place sont ensuite résumés. Enfin, la dernière partie révèle l'importance de ces trématodoses dans les domaines zoologique, économique (élevage avicole et pisciculture) et surtout pour la santé publique, puisque certains de ces trématodes affectent l'homme.
[-] Les oiseaux aquatiques accueillis dans les centres de faune sauvage sont la plupart du temps porteurs de parasites, dont les trématodes. L'objectif de ce travail de thèse est une synthèse de la littérature concernant ces trématodoses. Une première partie présente l'écologie des différents oiseaux aquatiques européens ainsi qu'un recensement des principales espèces admises dans les centres de sauvegarde de la faune sauvage de France. Une deuxième ...
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Chiens d'assistance, de défense et d'assaut, chiens de recherche de personnes ou de substances illicites ou encore chiens de conduite et de protection de troupeaux : nombreux sont les chiens qui travaillent auprès de l'humain. Cependant, ces activités ne font l'objet d'aucune réglementation spécifique pour le bien-être animal en France. Ces chiens n'ont pas non plus de statut particulier dans de nombreux pays européens. Cette thèse présente un travail effectué au sein du Bureau de la protection animale de la Direction générale de l'alimentation entre le neuf mars et le dix-neuf juin 2020. Il s'agit d'une réflexion dont le but était d'établir des lignes directrices pour aboutir à un meilleur encadrement, réglementaire ou non, de ces pratiques. La première partie de ce document décrit les différentes catégories de chiens de travail et leurs conditions de vie. La deuxième partie traite du bien-être animal : il s'agit de le définir et de savoir comment l'évaluer, mais aussi plus spécifiquement de mettre en lumière les différents facteurs susceptibles d'affecter le bien-être du chien de travail. Enfin, la troisième partie est un état des lieux de l'encadrement actuel du bien-être du chien de travail en France. Elle dresse également un panorama de la réglementation concernant le chien de travail dans certains pays de l'Union Européenne. L'ensemble de ce travail permet d'aboutir à des recommandations permettant d'harmoniser les pratiques et des perspectives d'amélioration de la protection des chiens de travail, dans la réglementation et par les professionnels.
[-] Chiens d'assistance, de défense et d'assaut, chiens de recherche de personnes ou de substances illicites ou encore chiens de conduite et de protection de troupeaux : nombreux sont les chiens qui travaillent auprès de l'humain. Cependant, ces activités ne font l'objet d'aucune réglementation spécifique pour le bien-être animal en France. Ces chiens n'ont pas non plus de statut particulier dans de nombreux pays européens. Cette thèse présente un ...
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La peste porcine africaine est une maladie virale non zoonotique due à un Asfivirus, elle est classée dans les dangers sanitaires de première catégorie. Elle affecte exclusivement les suidés, sauvages et domestiques, et est associée à des taux de morbidité et mortalité très élevés. Elle s'exprime cliniquement par une fièvre hémorragique. Ces symptômes étant peu évocateurs, le recours à des tests de laboratoire doit être systématique pour établir le diagnostic. La propagation du virus est facilitée par sa résistance dans de nombreux milieux comme les tissus, le sang et les eaux grasses. De plus, le virus est vectorisé par des tiques du genre Ornithodoros. A ce jour, il n'existe pas de vaccin efficace permettant de lutter contre la peste porcine africaine. Le virus de la peste porcine africaine est longtemps resté cantonné au continent africain. Les incursions en Europe ont commencé dans les années 1950 notamment en Espagne, en Italie, en France et en Belgique. Rapidement éliminé, le virus est cependant resté enzootique en Sardaigne. L'épizootie actuelle en Europe a commencé en Géorgie, en 2007, puis a progressé rapidement vers la Russie. Le virus s'est par la suite propagé en Europe de l'est et en Europe centrale. Les populations de sangliers dans ces pays ont été les acteurs principaux de la dissémination du virus. Par un saut d'un millier de kilomètres, le virus a rejoint l'Europe de l'ouest (la Belgique) en 2018, devenant ainsi une menace très concrète pour la France. Face à cette menace, la France a mis en place de nombreuses mesures afin de prévenir l'introduction du virus sur son territoire. Un réseau de surveillance efficace, des dépeuplements intenses de sangliers à la frontière belge et des mesures de prévention ont permis qu'en juillet 2019 la France soit toujours indemne. Le travail conjoint des fédérations de chasseurs, de l'ONCFS, supervisé par la DGAL et l'ANSES, permet d'envisager une réponse rapide et efficace en cas d'incursion du virus de la peste porcine africaine sur le territoire français.
[-] La peste porcine africaine est une maladie virale non zoonotique due à un Asfivirus, elle est classée dans les dangers sanitaires de première catégorie. Elle affecte exclusivement les suidés, sauvages et domestiques, et est associée à des taux de morbidité et mortalité très élevés. Elle s'exprime cliniquement par une fièvre hémorragique. Ces symptômes étant peu évocateurs, le recours à des tests de laboratoire doit être systématique pour établir ...
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