De nombreuses espèces de cétacés sont aujourd'hui menacées. La connaissance de leur variabilité génétique intraspécifique sera utile pour leur conservation à long terme. Les microsatellites, marqueurs moléculaires polymorphes de type répété, permettent d'apprécier cette variabilité. Nous présentons un bilan de l'utilisation des microsatellites chez les cétacés. Nous proposons également des conditions expérimentales optimales pour l'amplification de cinq de ces marqueurs, ainsi que leur séquence, chez le dauphin bleu-et-blanc (Stenella coeruleoalba). Puis nous présentons une étude de la structure génétique des populations de S. coeruleoalba en Méditerranée et Atlantique nord. La population méditerranéenne est partiellement isolée, globalement moins variable que la population atlantique (HeMéd = 0,76, HeAtl = 0,83, p < 0,05), et présente des indices qui évoquent une possible subdivision. Ces résultats pourront être considérés lors de la conception de politiques de conservation.