L’Encéphalite Japonaise (EJ) est la première cause d’épidémies d’encéphalites chez l’Homme en Asie. Le cycle épidémiologique de cette maladie, considérée comme maladie des rizières, implique des moustiques, des oiseaux aquatiques et des porcs. Le rôle d’autres hôtes tels que les oiseaux domestiques reste mal connu ; l’influence de facteurs environnementaux et météorologiques est connue mais peu ou pas quantifiée. L’objectif de cette étude était d’une part de décrire la prévalence de l’exposition au VEJ des oiseaux domestiques dans différents paysages du Cambodge, et d’autre part de caractériser les différences de circulation du virus de l’EJ en zone endémique (Cambodge) et épidémique (Nord du Vietnam) et les conséquences en termes de recommandations pour les éleveurs de porcs. Une campagne de prélèvements de sang chez des poules et des canards a été organisée dans trois provinces du Cambodge, pour mesurer la séroprévalence en EJ chez ces espèces, et les différences entre paysages (modèle linéaire mixte généralisé). Les résultats de campagne de prélèvements de sang sur des porcs au Cambodge (505 sérums) et au nord-Vietnam (643 sérums) ont permis d’estimer des forces d’infection en zones endémique et épidémique (modèle linéaire généralisé). En zone épidémique, des données météorologiques ont été utilisées pour ajuster un modèle prédictif de la séroprévalence des porcs (modèle additif généralisé). La séroprévalence moyenne des 617 poules et canards prélevés au Cambodge était de 8.8%, de plus nous avons observé que le virus circule en zone où la riziculture est absente. Les forces d’infection des porcs estimées ont pour valeur 0.023 jour-1 au Cambodge, 0.036 jour-1 et 0.0047 jour-1 au Nord Vietnam en période respectivement de forte et de faible circulation du virus. Au nord Vietnam, notre modèle prévoit que plus de 20% des porcs naissant entre juillet et septembre soient encore réceptifs à l’EJ à l’âge de la maturité sexuelle. Notre étude montre que les oiseaux domestiques sont exposés au VEJ. De plus, les porcs naissant entre juillet et septembre en zone épidémique devraient être vaccinés avant d’être mis à la reproduction pour éviter tout trouble de la reproduction dû à l’EJ.