Une étude a été menée dans vingt élevages porcins français situés dans l’ouest de la France afin de mettre en évidence le moment d’infection et la dynamique d’infection en élevage de deux agents pathogènes fréquents, à savoir le circovirus porcin de type 2 et Mycoplasma hyopneumoniae. Des prélèvements originaux ainsi que des informations en particulier sur la conduite d’élevage et les protocoles de vaccination ont ainsi été récoltés. Les prélèvements sont composés de prise de sang, d’écouvillons laryngés et de prélèvements salivaires, variables selon l’âge des animaux. Cette étude a ainsi permis de mettre en évidence la présence d’une excrétion précoce sur des porcelets en maternité et en post-sevrage des deux agents pathogènes malgré une fréquence peu importante en termes de nombre d’élevages et/ou de nombre d’animaux excréteurs. Il a été également confirmé que les élevages qui vaccinaient possédaient des truies et des porcelets avec une quantité plus importante d’anticorps et donc une protection envers les infections précoces. Finalement nous avons également utilisé des méthodes encore peu utilisées pour la recherche de ces agents pathogènes : les cordes pour les prélèvements salivaires et les écouvillons laryngés. Ces méthodes nous ont montré leur efficacité en mettant en évidence des excrétions plus ou moins précoces des deux agents pathogènes. Cette étude a ainsi permis de définir les avantages et les limites de ces deux types de prélèvements pour répondre à différents objectifs concernant la dynamique d’infection et l’excrétion du circovirus porcin de type 2 et de Mycoplasma hyopneumoniae dans un élevage.