La peau est un organe dynamique qui possède de multiples fonctions. A la fois barrière physique, chimique et immunologique contre les agents fongiques pathogènes, elle constitue un véritable milieu de vie pour de nombreux micro-organismes commensaux. Ces derniers entretiennent avec leur hôte une relation mutualiste, dont tous les tenants et les aboutissants ne sont pas encore connus. Lors de dysbiose cutanée, ils pourraient par contre acquérir le statut de pathogènes opportunistes, menaçant leur hôte. Les méthodes d’étude de culture fongique étant obsolètes, elles ont récemment été remplacées par des méthodes génomiques : le séquençage d’amplicons et la métagénomique globale ou méthode Shotgun. Ce travail répertorie les micro-organismes fongiques qui composent les microbiotes fongiques cutanés humain, canin et félin. Chez l’homme, les sites corporels sont dominés par le genre Malassezia à l’exception des pieds. A l’inverse, le microbiote fongique de nos carnivores domestiques présente une diversité et une variabilité interindividuelle importantes, avec une prédominance de genres fongiques omniprésents dans l’environnement : Alternaria, Cladosporium, Epicoccum, Crytococcus. Ces derniers pourraient constituer des membres transitoires de la flore cutanée, indiscernables des micro-organismes commensaux par les méthodes d’étude génomique.