Objectifs : Après avoir dressé un état des lieux des connaissances actuelles du portage d'ADN d'Ana plasma phagocytophilum par les oiseaux, il s'agissait de documenter la présence de l'ADN de cette bactérie dans des cadavres d'oiseaux originaires d'Ile-de-France par des techniques de biologie molé-culaire et de comparer sa détection selon le type de prélèvements effectués pour à terme identifier celui/ceux qui est/sont le(s) plus approprié(s) dans l'étude des infections par cet agent pathogène.
Méthodes : Des prélèvements de rate et de foie provenant de 739 oiseaux sauvages (famille des pas-sereaux), morts ou ayant été euthanasiés au ChuvFs et originaires des zones urbaines et péri urbaines d'Ile-de-France et des départements limitrophes, ont été examinés par qPCR msp2 pour détecter l'ADN d'A. phagocytophilum. Seule la peau des individus positifs pour la rate et/ou le foie a ensuite été testée. Des PCR nichées ARNr 16S et typA suivis du séquençage des segments amplifiés ont été réalisées pour confirmer la positivité des échantillons. Ces prélèvements ont été comparés selon différents cri-tères (facilité de prélèvement, état de conservation, rapidité d'extraction de l'ADN, capacité à « concen-trer » la bactérie in vivo). Résultats : Deux jeunes merles noirs (Turdus merula) ont fourni un résultat positif pour l'ADN d'A. pha-gocytophilum, ce qui correspond à une prévalence de 0,27 % (2/739). Ce résultat s'élève à 2,2 % (2/91) s'il est rapporté à l'effectif des merles noirs de l'étude. Enfin, la rate et la peau ont donné les Ct les plus faibles en matière de détection d'A. phagocytophilum chez ces deux oiseaux. Conclusion : Notre étude confirme la présence d'ADN d'A. phagocytophilum chez des merles noirs en Ile-de-France. Ces oiseaux étant autochtones car jeunes, nos résultats suggèrent fortement une infec-tion de source locale, ayant pu résulter d'une piqûre de tiques infectées à partir d'hôtes autochtones ou d'oiseaux migrateurs. Toutefois, ce taux de prévalence faible ne permet pas de spéculer quant à la nature du/des rôle(s) que les hôtes aviaires pourraient jouer – ou pas – dans le(s) cycle(s) d'A. phago-cytophilum. Le typage à partir des échantillons positifs pourrait apporter des pistes et des études com-plémentaires sont à envisager. Il serait notamment intéressant de mener des investigations dans d'autres régions de France, moins urbanisées, en particulier celles où A. phagocytophilum est connue pour circuler activement, afin d'analyser si les résultats sont comparables à ceux d'Ile-de-France et/ou peuvent être reliées à la situation épidémiologique dans ces régions.

Url / Doi : https://dumas.ccsd.cnrs.fr/dumas-03971877/file/A-2022-048.pdf

Localisation : Env Alfort (Bibliothèque)

N° de thèse : 048

Bibliogr. p. : 97-107

Titre anglais : Preliminary study of the prevalence of anaplasma phagocytophilum in birds from Ile-de-France

Résumé anglais : Objectives: Following a review of the litterature pertaining to the presence of A. phagoctytophilum DNA in birds, the aim of this experimental study was twolfold: First, to document the occurrence of A. phag- ocytophilum DNA in birds from Ile-de-France, by molecular biology techniques; Second, in birds infected by the bacterium, the aim was to compare the detection of A. phagocytophilum DNA in three different tissues in order to determine which sample(s) is (are) the most suited to detect A. phagocytophilum DNA in birds. Methods: Spleen and liver samples from 739 wild birds (passeriforms), dead or euthanized in the Chuv-Fs, coming from urban and peri-urban areas of Ile-de-France and bordering departments, were examined by msp2 qPCR to detect A. phagocytophilum DNA. Only the skin of individuals positive for spleen and/or liver was/were then tested. Nested 16S rRNA and typA PCR followed by sequencing were performed to confirm the positivity of the samples. These samples were compared according to different criteria (ease of collection, state of preservation, speed of DNA extraction, ability to « concentrate » the bacteria in vivo). Results : Two young blackbirds (Turdus merula) tested positive for A. phagocytophilum DNA, corresponding to a prevalence of 0.27% (2/739). This result rises to 2.2% (2/91) if the number of blackbirds in the study is considered. Finally, the spleen and skin gave the lower Ct for detection of A. phagocytophilum in these two birds. Conclusion : Our study confirm the presence of A. phagocytophilum DNA in blackbirds in Ile-de-France. As these birds are autochthonous because they are young, our results strongly suggest a local source of infection, which may have resulted from infected ticks from autochthonous hosts or from migratory birds. However, this low prevalence rate does not allow to speculate on the nature of the role(s) that avian hosts may or may not play in the cycle(s) of A. phagocytophilum. Typing positive samples could provide indices regarding the origin of the infectious agent and further studies should be considered. In particular, it would be interesting to carry out investigations in other, less urbanised regions of France in particular those where A. phagocytophilum circulates actively, to compare the results to those of Ile-de-France and/or to determine if they can be related to the epidemiological situation in these regions.

Mots-clés anglais : Anaplasma phagocytophilum . Passeriform . Blackbird . Reservoir host . Urban area . Molecular epidemiology . Spleen . Liver . Skin . Birds

En ligne : Oui

Directeur de Thèse : Deshuillers, Pierre ; Arné, Pascal

Assesseur / Examinateur : Lagrée, Anne-Claire

Type de fond : Fonds contemporain

Emprunt/Réservation