Le lapin présente une richesse phénotypique en ce qui concerne la couleur de son pelage, de ses yeux et la texture de sa fourrure. En effet, le locus agouti codant pour la protéine de signalisation agouti (ASIP) détermine le passage de la synthèse d'eumélanine à celle de phéomélanine dans les mélanocytes. Le locus extension code pour le récepteur de l'α-MSH (MC1R). Le locus brown est déterminé par des mutations du gène TYRP1. Le locus brown détermine donc la couleur noire ou brune de l'eumélanine. Le locus coloration est responsable de la répartition et la quantité des pigments sur le corps du lapin grâce à des mutations modifiant l'activité de la tyrosinase. Une mutation au locus dilution tronque la protéine Myo5a qui ne peut plus assurer le transport normal des pigments. Bien que leurs mécanismes restent encore énigmatiques chez le lapin, de nombreux gènes dont le gène KIT assurent la panachure de la robe. La texture du pelage est aussi déterminée par des gènes précis comme la mutation perturbant le gène du facteur 5 de croissance des fibroblastes (FGF5) s'est avérée responsable de la longueur du poil de l'angora. La mutation perturbant le gène de la lipase H (LIPH) s'est avérée être responsable du poil rex français. Certaines couleurs de pelage sont associées à des maladies. Par exemple, l'allèle de la panachure de type papillon du lapin, à l'état homozygote, est responsable d'un mégacôlon et d'une dilatation caecale. Des anomalies oculaires seraient peut-être liées à la couleur de robe telles qu'une aniridie chez un lapin aux yeux bleus, une corectopie chez un lapin à panachure hollandaise ou encore la buphtalmie chez le lapin albinos ont été remarquées par des éleveurs. De plus, les lapins sans fourrure présentent parfois une malocclusion dentaire et des organes génitaux immatures. Le recensement de ces gènes chez le lapin domestique pourra aider les éleveurs dans leur sélection.[-]