Chez l'Homme, les recherches sur le microbiote intestinal sont plus avancées que chez le chien. Elles ont notamment pu révéler qu'il existe de nombreux facteurs de variation du microbiote intestinal, avec comme facteur majeur l'alimentation. Ainsi, de plus en plus d'études sont réalisées à ce sujet, notamment en ce qui concerne l'influence de la teneur en macronutriments, ou encore l'effet de régimes à base de viande crue sur le microbiote intestinal. Ainsi, chez le chien, des différences majeures ont été observées entre ceux nourris avec des régimes majoritairement protéiques et ceux nourris avec des régimes majoritairement glucidiques. Les lipides et les fibres jouent aussi un rôle. L'alimentation à base de viande crue a aussi un effet sur le microbiote. Cependant, le rôle de chaque espèce bactérienne du microbiote intestinal du chien n'est pas connu, ne permettant pas de conclure précisément sur un effet bénéfique ou délétère de chaque type de régime. Ainsi, il serait intéressant d'étudier ces variations de microbiote en relation avec les variations de fonction. C'est dans cette optique que 3 cohortes ont été constituées lors de la réalisation de ce travail, l'une de bergers allemands, l'une de bergers australiens et l'une de yorkshire. Ces 3 cohortes sont constituées de 62 à 113 animaux et vont permettre de réaliser des études précises et comparatives sur le microbiote intestinal et l'effet de l'alimentation sur ce-dernier.[-]