Le syndrome de malassimilation connaît de nombreuses causes chez le chien, digestives, extra-digestives et endocriniennes, exigeant une approche diagnostique rigoureuse. Celle-ci est guidée par l'état général de l'animal ainsi que la gravité de l'affection causale suspectée, mais également par le contexte financier et social entourant le propriétaire. Le clinicien doit tirer profit de la complémentarité des voies diagnostiques lésionnelles et thérapeutiques. Des essais thérapeutiques peuvent mener à une résolution rapide des symptômes à moindre coût, mais des échecs multiples peuvent mettre à mal la motivation et la confiance du propriétaire. Un diagnostic lésionnel est parfois essentiel à la prise en charge thérapeutique mais le coût ainsi que les risques inhérents aux examens doivent être pris en compte. La prise en charge diététique est un élément-clé de la prise en charge d'un syndrome de malassimilation, par le support nutritionnel qu'il constitue, mais également par sa valeur diagnostique et thérapeutique. L'altération du microbiote intestinal (dysbiose), est fréquemment associée à un syndrome de malassimilation. Si par le passé, le recours aux antibiotiques constituait une épreuve thérapeutique systématique, cette pratique est désormais critiquée, dans un contexte d'antibiorésistance, mais également par l'altération durable du microbiote qui en résulte. De nouvelles méthodes de modulation douces du microbiote émergent et devraient être privilégiés par le clinicien (prébiotiques, probiotiques, transplantation fécale). Des études sont en cours afin d'évaluer leur efficacité dans le cadre de malassimilation et d'entéropathie chronique.[-]