Entre mars 2016 et décembre 2019, plusieurs souris en lactation d'une animalerie de l'Ecole nationale vétérinaire d'Alfort (EnvA) ont été atteintes d'une entérite nécrosante aiguë (ENA) à l'origine d'une mort soudaine sans signe d'appel. Cette affection s'accompagnait systématiquement d'une distension abdominale causée par une dilatation et une nécrose de l'intestin. La littérature fait état de descriptions cliniques et lésionnelles similaires chez la souris en lactation sous différentes appellations : « ileus and paresis of peristalsis », « deficient lactation », « fatal acute intestine pseudoobstruction », « postpartum ileus », « lactation ileus ». Malgré ces descriptions, l'étiologie de cette maladie est à ce jour inconnue. Dans le but de caractériser cette maladie, nous avons réalisé une étude épidémiologique grâce à une base de données élaborée à partir des portées obtenues sur cette période. Ensuite, nous avons mené une étude histologique à partir de coupes d'intestins récoltés chez les souris mortes d'ENA et préparés avec une coloration hémalun-éosine-safran. Enfin, nous avons poursuivi l'étude étiologique commencée au laboratoire « Découverte de pathogènes » de l'Institut Pasteur. Grâce à un séquençage de Sanger, cette étude préliminaire a permis d'identifier deux agents viraux présents en quantité importante et responsables d'affections digestives chez d'autres espèces : un astrovirus (AVM) et un norovirus (NVM). La suite du projet consistait à quantifier ces virus par RT-qPCR sur un plus grand nombre d'échantillons. La seconde partie de l'étude étiologique visait à exclure deux agents bactériens évoqués dans la littérature par la mise en culture de C. perfringens et par l'amplification de séquences de C. piliforme par PCR nichée. L'étude épidémiologique a déterminé que l'occurrence de l'ENA chez la mère de la souris allaitante était un facteur de risque d'ENA. A l'inverse, l'âge de la femelle, le rang de parité, la taille de la portée n'étaient pas des facteurs de risque et la maladie ne se transmettait probablement pas sexuellement. L'étude histologique a permis de décrire deux profils lésionnels de l'ENA, de proposer une appellation pour cette lésion et d'exclure toute lésion de Clostridium. De plus, les cultures de C. perfringens se sont révélées négatives. Néanmoins, des aléas techniques et le manque de temps n'ont pas permis de réaliser la recherche virale par RT-qPCR et la recherche de C. piliforme par PCR nichées. A ce jour, l'origine de l'ENA reste inconnue mais nos données permettent d'avancer avec conviction une hypothèse virale et de préciser les données épidémiologiques de cette affection.[-]

Les bronchopneumonies infectieuses (BPI) sont des pathologies multifactorielles chez le veau et représentent un enjeu sanitaire et économique important. Cette étude a pour but d'évaluer la prévalence des principaux virus impliqués dans le développement de BPI chez le veau et notamment la prévalence et l'implication d'un virus récemment identifié au niveau pulmonaire chez le veau : l'astrovirus bovin (BAstrV). Ainsi, 52 veaux de différentes races, provenant de 9 élevages de la région Bretagne, ont été prélevés par lavage broncho- alvéolaire, écouvillonnage nasal et rectal. Chaque animal a été examiné cliniquement afin d'établir un score clinique. Les différents prélèvements ont ensuite été analysés par PCR. Nous avons ainsi mis en évidence que le BAstrV était le deuxième pathogène le plus présent dans les voies aériennes profondes aussi bien chez les animaux malades que non malades, avec cependant une prévalence plus importante chez les animaux malades. Notre étude suggère également que l'association du BAstrV avec d'autres pathogènes comme P. multocida ou H. somni entraine des signes cliniques plus importants qu'une infection isolée par un de ces pathogènes. [-]