Chez les petits ruminants, la paratuberculose se traduit par un simple syndrome d'amaigrissement progressif, fatal en quelques semaines à quelques mois ; contrairement aux bovins, la diarrhée est le plus souvent absente. Les lésions (épaississement de l'intestin, adénomégalie mésentérique) sont très inconstantes. Le bacille en cause, Mycobacterium avium paratuberculosis, est particulièrement résistant et peut survivre près d'un an dans le milieu extérieur. Il contamine les animaux sensibles (les jeunes) essentiellement par voie fécale-orale ; l'incubation est très longue et la maladie ne se déclare qu'à l'âge adulte. L'affection est enzootique et en grande partie silencieuse. Le diagnostic différentiel, notamment avec les parasitoses, nécessite le recours aux tests de laboratoire (principalement l'ELISA et la coproculture) qui manquent malheureusement cruellement de sensibilité. Le traitement est inefficace et l'éradication longue, coûteuse et difficile à atteindre.